1. ταφή :Πολλοί από τους τάφους σε διάφορες θέσεις του ναού στη Μάλτα περιέχουν ανθρώπινα υπολείμματα ή σκελετικά στοιχεία που υποδηλώνουν την πιθανή θρησκευτική χρήση ή σημασία των ναών.
2. Ιερές τελετές :Ο προσανατολισμός των διαφόρων δομών εντός των συγκροτημάτων των ναών, όπως οι ευθυγραμμίσεις με ουράνια σώματα ή ορισμένα γεωγραφικά ορόσημα, υποδηλώνει ότι χρησίμευαν ως χώροι για αστρολογικές παρατηρήσεις, τελετουργικές γιορτές ή θρησκευτικές δραστηριότητες.
3. Λατρεία και λατρευτικοί χώροι :Οι πολυάριθμοι βωμοί, οι στύλοι και διάφορες ιερές εικόνες που ανακαλύφθηκαν σε αυτές τις δομές θα μπορούσαν να υποδηλώνουν την πνευματική τους χρήση.
4. Παρατηρήσεις :Οι θεωρίες υποθέτουν ότι ορισμένοι ναοί της Μάλτας, λόγω της ευθυγράμμισής τους, χρησίμευσαν ως αρχαία αστρονομικά παρατηρητήρια για την παρακολούθηση και την ανάλυση των ουράνιων κινήσεων.
5. Κοινοτικές συγκεντρώσεις :Οι αρχαιολογικές ερμηνείες υποδηλώνουν ότι, δεδομένου ότι τα αντικείμενα για καθημερινά οικιακά καθήκοντα είναι σπάνια, αλλά είναι εμφανή στοιχεία για τελετουργικά αντικείμενα και κοινοτικές πρακτικές, σημειώθηκε έμφαση στη συγκέντρωση σε χώρους όπως αυτές για τις κοινοτικές τελετές.
6. Διοικητικά κέντρα :Ενώ μια λιγότερο δημοφιλής έννοια, ορισμένοι υποδεικνύουν ότι οι χώροι του ναού κρατούσαν τόσο κοινοτική όσο και δυνητικά διοικητική σημασία με πιθανή ιεραρχία που εμπλέκεται σε ορισμένες τελετουργικές ή δυναμικές ηγεσίας.
Τελικά, η προϊστορική φύση αυτών των ναών περιορίζει την απόλυτη γνώση του σκοπού τους, αφήνοντας αρκετό χώρο για να συνυπάρχουν διάφορες υποθέσεις. Η συνεχιζόμενη έρευνα συμβάλλει στην καλύτερη κατανόηση αυτών των αξιόλογων δομών με την πάροδο του χρόνου.