Η αποστολή Carmel έχει υποστεί ζημιές από αρκετούς σεισμούς όλα αυτά τα χρόνια. Το 1857, ένας μεγάλος σεισμός προκάλεσε σημαντικές ζημιές στην αποστολή και ξαναχτίστηκε τη δεκαετία του 1860. Το 1906, ο σεισμός του Σαν Φρανσίσκο προκάλεσε επίσης ζημιές στην αποστολή, αλλά επισκευάστηκε αμέσως μετά.
Εκτός από τους σεισμούς, η αποστολή Carmel έχει επίσης υποστεί ζημιές από πυρκαγιές. Το 1797, μια πυρκαγιά κατέστρεψε μεγάλο μέρος της αποστολής, αλλά ξαναχτίστηκε αμέσως μετά. Το 1917, μια άλλη πυρκαγιά κατέστρεψε την αποστολή, αλλά ξαναχτίστηκε ξανά.
Η αποστολή Carmel είναι ένα όμορφο και ιστορικό ορόσημο που έχει επιβιώσει από πολλές φυσικές καταστροφές. Είναι μια απόδειξη της δύναμης και της ανθεκτικότητας των ανθρώπων που έζησαν και εργάστηκαν εκεί για αιώνες.