Το όνομα Σαν Ντιέγκο προέρχεται από τον Άγιο Δίδακο του Αλκαλά (Ισπανικά: San Diego de Alcalá), μοναχό Φραγκισκάνων του 15ου αιώνα γνωστό για την ταπινότητά του και την φροντίδα για τους ασθενείς. Η εορτή του γιορτάζεται την 12η Νοεμβρίου.
Την 12η Νοεμβρίου 1602, ο ισπανικός διανομέας Σεμπαστιάν Βισκαΐνο έβγαλε στον κόλπο που σήμερα ξέρουμε ως Σαν Ντιέγκο Bay. Για να τιμήσει την εορτή του αγίου, ονόμασε τον λιμéna «Σαν Ντιέγκο». Το όνομα επέκτατε αργότερα στο presidio, την αποστολή και την πόλη που αναπτύχθηκε γύρω από αυτά.
Ο Δίδακος αγιαστούτηκε το 1588· είναι patrón της Φραγκισκάνικης Τάξης και της διοικήσεως Σαν Ντιέγκο.
