Η Μεσόγειος Θάλασσα αναγνωρίζεται ευρέως ως η βαθύτερη θάλασσα στη Γη, με το μέγιστο βάθος της στο Calypso Deep (γνωστό και ως Oinousses Deep) στην Φάραγγα Ελληνικού, νότια της Ελλάδας και δυτικά της Κρήτης.
Οι ωκεανογράφοι διακρίνουν τις θαλάσσιες (περιφερειακές ή κλειστές λεκάνες συνδεδεμένες με ωκεανούς) από τους ωκεανούς (τις πέντε κύριες λεκάνες: Ειρηνικός, Ατλαντικός, Ινδικός, Νότιος, Αρκτικός). Ενώ οι ωκεανικές φάραγγες (π.χ. Φάραγγα Μαριάνα στο 11.034 μ) είναι βαθύτερες, αποτελούν μέρος ωκεανών, όχι θαλασσών.
Η Μεσόγειος είναι μια συμπυκνωμένη λεκάνη διαμορφωμένη από την πολύπλοκη σύγκρουση των αфриικανικής και ευρασιατικής πλάκας, δημιουργώντας βαθιές φάραγγες υποδύσεως (Ελληνική, Καλαβριακή) μέσα σε ένα σχετικά μικρό, σχεδόν κλειστό σώμα νερού.
Με τον αυστηρό υδρογραφικό ορισμό "θάλασσας" ως υποδιαίρεσης ωκεανού, η Μεσόγειος κρατεί το ρεκόρ μέγιστου βάθους.