Από τις επιλογές, η Φιλιππινική Θάλασσα δεν οριοθετείται άμεσα στα κύρια νησιά της Ιαπωνίας.
Βρίσκεται νότια και ανατολικά των νησιών Ριούκيو (αλυσίδα Οκινάβα), χωρισμένη από τα κύρια νησιά της Ιαπωνίας από τη φάραγγα Ριούκιο και τα νησιά ίδια. Οριοθετεί τις Φιλιππίνες, τις νήσους Μαριανών και τον ανοιχτό Ειρηνικό.
Έτσι, αν και η Αποκλειστική Οικονομική Ζώνη (ΑΟΖ) της Ιαπωνίας εκτείνεται στη Φιλιππινική Θάλασσα γύρω από τις Ριούκιο, ο κύριος αρχιπέλαγος (Χονσού, Χοκκαϊδό, Κιουσού, Σικόκου) δεν έχει ακτογραμμή στη Φιλιππινική Θάλασσα.