Γενικά, η Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι πιο κρύα στο βορρά και πιο ζεστή στο νότο. Η μέση θερμοκρασία των επιφανειακών υδάτων στη βόρεια Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι περίπου 2°C (36°F) τον Φεβρουάριο και περίπου 18°C (64°F) τον Αύγουστο. Στη νότια Θάλασσα της Ιαπωνίας, η μέση θερμοκρασία των επιφανειακών υδάτων είναι περίπου 10°C (50°F) τον Φεβρουάριο και περίπου 26°C (79°F) τον Αύγουστο.
Η Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι επίσης πιο κρύα σε βάθος από ό,τι στην επιφάνεια. Η μέση θερμοκρασία του βυθού στη βόρεια Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι περίπου -1,5°C (29°F) τον Φεβρουάριο και περίπου 4°C (39°F) τον Αύγουστο. Στη νότια Θάλασσα της Ιαπωνίας, η μέση θερμοκρασία του βυθού είναι περίπου 2°C (36°F) τον Φεβρουάριο και περίπου 12°C (54°F) τον Αύγουστο.
Η αλατότητα της Θάλασσας της Ιαπωνίας ποικίλλει επίσης πολύ ανάλογα με την εποχή, την τοποθεσία και το βάθος του νερού. Γενικά, η αλατότητα της Θάλασσας της Ιαπωνίας είναι υψηλότερη στο βορρά και χαμηλότερη στο νότο. Η μέση αλατότητα των επιφανειακών υδάτων στη βόρεια Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι περίπου 34 μέρη ανά χίλια (‰) τον Φεβρουάριο και περίπου 32 ‰ τον Αύγουστο. Στη νότια Θάλασσα της Ιαπωνίας, η μέση αλατότητα των επιφανειακών υδάτων είναι περίπου 31 ‰ τον Φεβρουάριο και περίπου 29 ‰ τον Αύγουστο.
Η Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι επίσης πιο αλμυρή στο βάθος παρά στην επιφάνεια. Η μέση αλατότητα του βυθού στη βόρεια Θάλασσα της Ιαπωνίας είναι περίπου 35 ‰ τον Φεβρουάριο και περίπου 33 ‰ τον Αύγουστο. Στη νότια Θάλασσα της Ιαπωνίας, η μέση αλατότητα του βυθού είναι περίπου 32 ‰ τον Φεβρουάριο και περίπου 31 ‰ τον Αύγουστο.
