Ενώ οι Ποταμοί Μισισίπι και Μισούρι είναι ίσως οι πιο διαφημισμένοι υδάτινοι τόποι στη Μισούρι (χρησιμοποιημένοι από τον Meriwether Lewis και τον William Clark καθώς ξεκίνησαν την εξερεύνηση της δυτικής Ηνωμένων Πολιτειών το 1804), υπάρχουν μερικές μεγάλης κλίμακας και εντυπωσιακές λίμνες στη δυτική μερίδα της πολιτείας.
Με μήκος 2.348 μίλια, ο Ποταμός Μισισίπι είναι ένα από τα δύο μεγαλύτερα ποταμικά συστήματα στις Ηνωμένες Πολιτείες. Αυτός ο νότιος ποταμός δημιουργεί την ανατολική συνόριο της Μισούρι, καθώς και τις ανατολικές άκρες της Μινεσότα (η πολιτεία στην οποία προκύπτει), της Άιοβα, της Αρκάνσας και της Λουιζιάνας. Αντίστοιχα, ο Μισισίπι χαράσσει τα δυτικά σύνορα της Γουισκόνσιν, Ιλινόι, Κέντρακι, Τενεσέ και Μισισίπι, φαίνοντας να χωρίζει τις Ηνωμένες Πολιτείες στη μέση. Το Σεντ Λούις, Μο., το οποίο κάθεται στα δυτικά όχθη του ποταμού, θεωρείται η «Πύλη του Δυτικού» χάρη μέρους σε αυτό το φυσικό, εθνικό διαχωριστικό.
Ο Ποταμός Μισούρι είναι το άλλο μεγαλύτερο ποταμικό σύστημα στις Ηνωμένες Πολιτείες, και αυτός επίσης βρίσκει το μεγαλύτερο μέρος της στροφής του στη πολιτεία της Μισούρι. Ρέοντας νότια και ανατολικά, μακριά από τα Βουνά Rocky Mountains, ο Μισούρι ήταν κάποτε νομισμένο ως κλειδί διαδρομή στη ναυτιλία του εμήνυμεν Northwest Passage. Σήμερα, ο Μισούρι προσδιορίζεται από τα ισχυρά, λασπωμένα νερά του και την τάση του να πλημμυρίζει τις κοινότητες που säumen τις όχθες του. Διασχίζει τον Ποταμό Μισισίπι στο Σεντ Λούις, Μο.
Η Λίμνη των Ozarks εγκαταστάθηκε στη νοτιοκεντρική περιοχή της Μισούρι, προϊόν του Φράγματος Bagnell στον Ποταμό Osage. Τώρα ένας σταθερός της βιομηχανίας τουρισμού των Ozarks, τα περισσότερο από 55.000 εκτάρια που καλύπτει η λίμνη λειτουργούν ως καλοκαιρινή αναχώρηση για τοπικούς και επισκέπτες από όλο τον κόσμο.
Η Λίμνη Truman (γνωστή επίσης ως Αποθήκη Truman) είναι η μεγαλύτερη τεχνητή λίμνη στην πολιτεία της Μισούρι. Αυτό το μεγάλο υδάτινο σώμα, το οποίο εγκαταστάθηκε κοντά στο κεντρικά δυτικό άκρο της πολιτείας, δεν θα existed χωρίς το φράγμα Harry S. Truman, επίσης στον Ποταμό Osage. Το εργοστάσιο ενέργειας του φράγματος θεωρείται must-see σε οποιοδήποτε τουρ της περιοχής.
Το μεγαλύτερο μέρος της Λίμνης Table Rock μπορεί να βρεθεί στα Ozarks της Μισούρι, αν και το νερό εκτείνεται στη βόρεια Αρκάνσας. Όπως το Truman και η Λίμνη των Ozarks, η Table Rock επίσης είναι τεχνητή λίμνη, εξυπηρετούμενη από το Φράγμα Table Rock στον Λευκό Ποταμό.
