Η Πενσυλβανία έχει 95 σώματα νερού· από αυτά, πέντε έχουν βοηθήσει να συμβάλουν σε μεγάλο βαθμό στην εμπορική επιτυχία της πολιτείας. Η πολιτεία μετατράπηκε από αγροτική πολιτεία σε μια μεγάλη βιομηχανία και εμπόριο λόγω των υδροδρόμων της. Οι περισσότερες από τις υδατικές περιοχές της Πενσυλβανίας τρέχουν μέσω εθνικών πάρκων και ελκύουν τουρίστες που ψαρέματι, κаноέ, καγιάκ και κατασκήνωση παράλληλα με τα όχθη.
Η Λίμνη Erie κάθεται στην πάνω αριστερή γωνία της Πενσυλβανίας. Η Λίμνη Erie είναι μια από τις μικρότερες λίμνες των Μεγάλων Λιμνών, αλλά είναι ακόμα η 11η μεγαλύτερη λίμνη στον κόσμο. Είναι 9.922 τετραγωνικά μίλια στην επιφάνεια και πάνω από 200 πόδια βαθιά. Οι γονιμοί εδάφοι γύρω από τη Λίμνη Erie κάνουν καλή γεωργική εδαφική περιοχή και η περιοχή είναι η πιο πυκνά κατοικημένη από τους πέντε υδροχάρτες των Μεγάλων Λιμνών, σύμφωνα με το Great Lakes Information Network. Η λίμνη παρέχει εμπόριο, μεταφορές, κατασκευές, αλιεία, παραγωγή ενέργειας, αναψυχή και γεωργία στην Πενσυλβανία.
Ο Ποταμός Delaware σχηματίζει σύνορο μεταξύ Πενσυλβανίας και Νέας Υόρκης, και μεταξύ Νέας Τζέρσι και Πενσυλβανίας. Ο ποταμός ψήφιστηκε Ποταμός της Χρονιάς 2011 της Πενσυλβανίας.
«Τα νερά του εξυπηρετούν τις ανάγκες περισσότερων από 15 εκατομμύρια ανθρώπων από τέσσερεις διαφορετικές πολιτείες, συμπεριλαμβανομένων περισσότερων από 5 εκατομμύρια Πενσυλβανιώτες. Καυχιέται την μεγαλύτερη γλυκύς λιμενική εγκατάσταση στον κόσμο, καθώς και απειλούμενα και κινδυνευόμενα είδη, και ανθεκτική βιομηχανία τουρισμού», δήλωσε ο Γραμματέας Διατήρησης και Φυσικών Πόρων John Quigley σε άρθρο του DelewareRiver.net.
Οι ποταμοί Ohio και Allegheny είναι επίσης σημαντικοί ποταμοί για εμπόριο στην Πενσυλβανία. Ο Ποταμός Ohio σχηματίζεται από την σύζευξη των ποταμών Allegheny και Monongahela στο Point State Park στο Πίττσμπουργκ. Ο Ποταμός Allegheny σερπετώνει παράλληλα με το μεγαλύτερο μέρος της Πενσυλβανίας, το οποίο έγινε σημαντικό για εμπόριο και εμπόριο μέσα στα μεγάλα αστικά κέντρα της πολιτείας. Κατά τη δεκαετία του 1800, ο Ποταμός Ohio χρησιμοποιούνταν για μεταφορά καρπών κάτω στο Ohio, Κεντάκι, Ινδιάνα και Ιλίνοις, σύμφωνα με το Ohio History Central.
Ο Ποταμός Susquehanna είναι ο μεγαλύτερος ποταμός στην ηπειρωτική Ηνωμένες Πολιτείες χωρίς εμπορικό πλοηγματικό κίνηση. Ο ποταμός τέμνει απευθείας μέσω Πενσυλβανίας στο Chesapeake Bay και μετά τον Ατλαντικό Ωκεανό. Ο ποταμός χρησιμοποιείται ακόμα για αναψυκτική ναυτιλία και αλιεία, αλλά έγινε ένα από τα πιο κινδυνευόμενα ποτάμια της χώρας το 2005 λόγω ρύπανσης από γεωργική απόβληση, τον νtrittικό κλάδο της πολιτείας, ρύπανση αποχετεύσεων και κατασκευή φραγμάτων, σύμφωνα με το American Rivers.
