Η Μισούρι ήταν η 24η πολιτεία που ενώθηκε στις ΗΠΑ το 1821. Δεν υιοθέτησε επίσημη σημαία μέχρι το 1913, σχεδόν 92 χρόνια μετά.
Η Marie Elizabeth Oliver, γυναίκα του senator Robert Oliver, ηγήθηκε της επιτροπής το 1908 για το σχέδιο σημαίας. Το 1909 υποβλήθηκε στη Γερουσία, το 1913 ο gobernador Eliot Major υπέγραψε το νομοσχέδιο.
Η σημαία αποτελείται από τρεις ίσες οριζόντιες ζώνες: κόκκινο πάνω, λευκό στη μέση, μπλε κάτω. Στο κέντρο το coat of arms της Μισούρι, περικυκλωμένο από 24 λευκά αστέρια σε μπλε φόντο.
Η Oliver σχεδίασε τη σημαία για να αντιπροσωπεύει τη Μισούρι και την πιστότητά της στις ΗΠΑ. Χρώματα της αμερικανικής σημαίας: κόκκινο = θάρρος, μπλε = γρηγορικότητα/μόνιμτη/δικαιοσύνη, λευκό = καθαρότητα. Το coat of arms στο κέντρο συμβολίζει την κεντρική γεωγραφική θέση, τα 24 αστέρια την 24η πολιτεία.
