1. Λεκάνη απορροής της λίμνης Victoria:
- Καλύπτει τη μεγαλύτερη επιφάνεια της Κένυας, συμπεριλαμβανομένων τμημάτων των περιοχών της δυτικής και της Nyanza.
- Παραπόταμοι:Ποταμοί Mara, Yala, Nzoia και Sondu.
- Η λίμνη Βικτώρια είναι η κύρια πηγή νερού και αποχετεύεται στο σύστημα του ποταμού Νείλου.
2. Λεκάνη απορροής κοιλάδας Rift:
- Βρίσκεται κατά μήκος της κοιλάδας Great Rift, που εκτείνεται από τη λίμνη Turkana στα βόρεια έως τη λίμνη Magadi στα νότια.
- Παραπόταμοι:Ποταμοί Ewaso Ng'iro, Turkwel και Kerio.
- Λίμνες:Η λίμνη Baringo, η λίμνη Naivasha και η λίμνη Elementeita αποτελούν μέρος αυτού του συστήματος αποστράγγισης.
3. Λεκάνη απορροής ποταμού Αθίου:
- Καλύπτει τμήματα των ανατολικών, κεντρικών και παράκτιων περιοχών της Κένυας.
- Παραπόταμοι:Ποταμοί Thika, Maragua και Athi.
- Αποχετεύσεις στον Ινδικό Ωκεανό.
4. Λεκάνη απορροής ποταμού Τάνα:
- Η μεγαλύτερη λεκάνη απορροής ποταμού στην Κένυα, που προέρχεται από την οροσειρά Aberdare και το όρος Κένυα.
- Παραπόταμοι:Ποταμοί Sagana, Thiba και Tana.
- Αποχετεύσεις στον Ινδικό Ωκεανό.
5. Λεκάνη αποστράγγισης Ewaso Ng'iro (Βόρεια):
- Βρίσκεται στη βόρεια Κένυα, συμπεριλαμβανομένων τμημάτων των κομητειών Turkana, Samburu και Isiolo.
- Παραπόταμοι:Βόρειος ποταμός Ewaso Ng'iro και οι παραπόταμοί του.
- Ενδορεϊκή λεκάνη. Το νερό δεν αποστραγγίζεται σε κανένα ωκεανό, αλλά καταλήγει στον βάλτο Lorian και στη λίμνη Turkana.
