Πολλές αεροπορικές βρέθηκαν σε δύσκολη κατάσταση τη δεκαετία του 2000. Αυτό αποδίδεται τόσο σε εσωτερικές αλλαγές όσο και σε εξωτερικά γεγονότα όπως οι τρομοκρατικές επιθέσεις 11 Σεπτεμβρίου 2001 και η άνοδος της τιμής πετρελαίου, όπως σημειώνει ο ακαδημαϊκός Peter W. Jones του Economic Development Institute. Οι αεροπορικές που επιβίων τώρα αντιμετωπίζουν δυσκολή δρόμο ανάκαμψης με σημαντικές προκλήσεις.
Οι αεροπορικές πρέπει να διαχειρίζονται προσεκτικά τα μετρητά που έχουν για να αποφύγουν πτώχευση. Αυτά τα αποθεματικά μπορεί να εξαντληθούν από ένα άλλο εξωτερικό σόκ, όπως οι επιπτώσεις του 11/9, που έφεραν παγκόσμια πτώση αεροπορικών ταξιδιών. Σύμφωνα με Global Times, το 2009 οι αεροπορικές ήταν σε καλύτερη θέση όσον αφορά τα αποθεματικά από το 2001, κρατώντας 13% των εσόδων τους για επείγουσες καταστάσεις. Ωστόσο, ο Διευθυντής Γενικός του IATA, Giovanni Bisignani, προειδοποίησε ότι ακόμα και αυτά τα αποθεματικά μπορεί να μην επαρκούν αν η βιομηχανία συνεχίσει να έχει αργή ανάκαμψη.
Η ανάγκη προστασίας των επιβατών από απειλές (π.χ. τρομοκρατικές επιθέσεις) αναγκαίασε τις αεροπορικές παγκοσμίως να αυξήσουν την ασφάλεια. Όλη αυτή η επιπλέον ασφάλεια κοστίζει ~$5.6 δισεκατομμύρια/έτος (USA Today 2007). Η βιομηχανία χρειάζεται τρόπο να πληρώσει, και τα έξοδα μεταφέρονται στους επιβάτες μέσω επιπλέον χρεώσεων, κάτι που δεν αρέσει στους συχνούς ταξιδιώτες. Το IATA προτείνει να πείσουν τις κυβερνήσεις να αναλάβουν αυτά τα μέτρα ασφαλείας, διανέμοντας το κόστος στους φορολογούμενους πολίτες.
Η κλιματική αλλαγή είναι μεγάλο ζήτημα για πολλές κυβερνήσεις το 2010. Σύμφωνα με USA Today, ορισμένες κυβερνήσεις στοχεύουν την αεροπορική βιομηχανία για να μειώσουν τις εκπομπές άνθρακα. Το UK βάλει φόρο σε αεροσκάφη που προσγειώνονται/απογειώνονται, προσθέτοντας ~$2 δισεκατομμύρια/έτος στους ταξιδιώτες. Η βιομηχανία πρέπει να βρει χρήματα για να πληρώσει ή να πείσει τις κυβερνήσεις ότι οι φόροι είναι άδικοι.
