Και τα δύο είναι ζωτικά γλυκόνερα οικοσυστήματα, αλλά διαφέρουν θεμελιωδώς:
Οι λίμνες είναι γενικά μεγαλύτερες με καθορισμένες ακτές· οι ποταμοί είναι μακροί, στενοί, και καμπύλοι.
Οι λίμνες είναι βαθύτερες (Λίμνη Μπαϊκάλ: 1.642 μ)· οι ποταμοί ρηχότεροι (Ποταμός Κονγκό μέγιστος: ~230 μ).
Οι λίμνες δεν έχουν καθαρή ροή (αν και υπάρχουν εσωτερικές ρεύματα)· οι ποταμοί ρέουν συνεχώς κατωρρόφηση.
Οι λίμνες συσσωρεύουν ίλως· οι ποταμοί τη μεταφέρουν κατωρρόφηση.
Οι λίμνες στρωματίζονται θερμικά (θερμότερη επιφάνεια, κρυότερο βάθος)· οι ποταμοί πιο ομοιόμορφοι αλλά daoυκλείουν εποχιακά.
Οι λίμνες φιλοξενούν ποικίλες πελαγικές και βένθικες κοινότητες· οι ποταμοί ευνοούν είδη προσαρμοσμένα στη ροή.
Λίμνες: αναψυχή, αλιεία, προμήθεια νερού. Ποταμοί: μεταφορές, άρδευση, υδροηλεκτρισμός, απορρόφηση απόβλητων.
Αυτές οι διαφορές προκύπτουν από την متميزة υδρολογία και γεωμορφολογία τους.
