Οι λίμνες με σφραγισμένο βυθό σχηματίζονται με διάφορους τρόπους, αλλά ο πιο συνηθισμένος είναι μέσω της εναπόθεσης λεπτόκοκκων ιζημάτων στον πυθμένα μιας λεκάνης λίμνης. Αυτά τα ιζήματα, τα οποία συχνά προέρχονται από παγετώνες, ποτάμια ή σκόνη από τον άνεμο, μπορούν να σχηματίσουν ένα στρώμα που είναι αδιαπέραστο από το νερό. Σε ορισμένες περιπτώσεις, μια σφραγισμένη λίμνη βυθού μπορεί επίσης να σχηματιστεί από την κίνηση των τεκτονικών πλακών, η οποία μπορεί να προκαλέσει τη θραύση και τη σφράγιση των πετρωμάτων στον πυθμένα της λίμνης.
