Ορισμένο από το Κογκρέσο το 1990, το Εθνικό Θαλάσσιο Ασύλο Φλορίδας Κεις περιλαμβάνει περισσότερο από 2.900 τετραγωνικά ναυτικά μίλια κοντά στα Φλορίδα Κεις και προσφέρει προστατευμένο biotope για πολλά ψάρια, θηλαστικά, ερπετά, φυτά και πουλιά. Η ποικίλη ομάδα κατοίκων του ασύλου περιλαμβάνει γαλées, ραίες, μύραινες, χέλια και άλλα ψάρια που ζουν σε αμπελιές θαλάσσιων φυτών δασών μαγγρόβων και κοραλλιογενών και βραχοειδών ρίφων. Άλλα ζώα εκεί ζουν στο έδαφος και μπορούν να πετάνε ή να κολυμπάνε.
Το άσυλο στέκεται σπίτι πολλών παραλιακών και ανοικτής θάλασσας πουλιών που τρέφονται στον Κόλπο του Μεξικού και τον Ατλαντικό Ωκεανό. Αυτά τα πουλιά πετάνε στα νησιά του ασύλου, όπου φτιάχνουν φωλιά στα μαγγρόβια και παραλιακά δέντρα. Πουλιά που βρίσκονται στο άσυλο περιλαμβάνουν τον αρκτικό γεράκο Περιγρίνε, λευκούς αετούς, Ροζατε Τερν, γεράνους Φλορίδας Κεις και το στρουθοκάμπο της Κέιπ Σέιβλ.
Πολλοί ασπονδύλιοι κάνουν τα σπίτια τους στα δέντρα και τα ψηλά νερά του ασύλου. Τα ασπονδύλια λείπουν εσωτερικό σκελετικό σύστημα και έχουν ένα εξωτερικό ή ένα γεμμένο με υγρό μεμβράνης. Μαλάκια όπως σαλιγκάρια μπορούν να βρεθούν στην ξηρά· μύδια και θαλασσια αγγούρια μπορούν να βρεθούν στα νερά του ασύλου. Άλλα ασπονδύλια που βρίσκονται στο άσυλο περιλαμβάνουν καβούρια, γαρίδες, σφουγγάρια, μεδούσες, πεταλούδες και σκούληκες. Πολλά υδράργυρα ασπονδύλια ζουν ανάμεσα στα κοραλλιογενή, όπου μπορούν να τρέφουν και να αναζητούν καταφύγιο από хищники.
Η Φλορίδα είναι γνωστή για τα πολλά ερπετά της, συμπεριλαμβανομένου του αμερικανικού αλιγατόρας, θαλασσιώνχελώνων και σαύρων. Πολλά από αυτά μπορούν να βρεθούν στα νερά, στις αμμουδιές και κατά μήκος των χερσαίων οχθών των ποταμών. Πέντε από τα επτά θαλασσιοχελώνες που βρίσκονται σε όλο τον κόσμο φωλιάζουν στο Εθνικό Θαλάσσιο Ασύλο Φλορίδας Κεις, συμπεριλαμβανομένων των ridley, green, leatherback, loggerhead και hawksbill. Άλλα ερπετά που βρίσκονται στο άσυλο περιλαμβάνουν το καφέ φίδι Φλορίδας, τη χελώνα βάλτου Κεις, το μαύρο κεφάλι φίδι της Μιάμι και τον αμερικανικό κροκόδειλο.
Διάφορα θηλαστικά βρίσκονται στο νερό και σε όλο το ασύλο στα δάση μαγγρόβων. Η μανάτι της Φλορίδας ευδοκιμεί στο ζεστό νερό που βρίσκεται όλο το χρόνο στο άσυλο και έχει δει στα ψηλά νερά τρέφοντας φυτά θαλάσσης. Sei, μπλε, φάλαινες, humpback, right και sperm φάλαινες κάνουν την πορεία τους μέσω του ασύλου. Άλλα θηλαστικά περιλαμβάνουν το ξυλικό ποντίκι Key Largo, το ελάφι Key, το ασημένιο ποντίκι ρύζι, το βαμβακοπόντικο Key Largo και το λαγονοερό κουνέλι Lower Keys.
