Το 1532, ενώ ο εμφύλιος πόλεμος ήταν ακόμη σε εξέλιξη, οι Ισπανοί κατακτητές, με επικεφαλής τον Francisco Pizarro έφτασαν στη Νότια Αμερική και εκμεταλλεύτηκαν τη σύγκρουση μεταξύ των δύο αδελφών για να κατακτήσουν την Αυτοκρατορία των Ίνκας. Ο Πιζάρο έστειλε έναν απεσταλμένο, τον Ερνάντο ντε Σότο, να συναντήσει τον Αταχουάλπα και να τον καλέσει σε μια συνάντηση στην Καζαμάρκα, υποσχόμενος να μην του κάνει κακό.
Ο Αταχουάλπα συμφώνησε στη συνάντηση, αλλά έφερε και έναν μεγάλο στρατό μαζί του. Στις 16 Νοεμβρίου 1532, ο Atahualpa και η συνοδεία του μπήκαν στην Plaza de Armas στην Cajamarca, όπου βρήκαν τα ισπανικά στρατεύματα να περιμένουν. Ο Πιζάρο διέταξε τους άντρες του να επιτεθούν και ο Αταχουάλπα συνελήφθη.
Οι Ισπανοί κράτησαν αιχμάλωτο τον Atahualpa για αρκετούς μήνες, ζητώντας λύτρα για να τον απελευθερώσουν. Ο Αταχουάλπα συμφώνησε και διέταξε να δοθεί στους Ισπανούς ένα δωμάτιο γεμάτο χρυσό και ασήμι. Ωστόσο, ο Πιζάρο τον εκτέλεσε ακόμα με γκαράζ το 1533.
Ο θάνατος του Αταχουάλπα σήμανε το τέλος της Αυτοκρατορίας των Ίνκας. Οι Ισπανοί συνέχισαν να κατακτούν και να κυβερνούν μεγάλο μέρος της Νότιας Αμερικής για τους επόμενους τρεις αιώνες.
