Τα βουνά Hindu Kush εκτείνονται σε όλη τη χώρα από βορειοανατολικά προς νοτιοδυτικά και είναι η πιο σημαντική οροσειρά στο Αφγανιστάν. Τα βουνά χωρίζονται σε δύο κύριες σειρές, το Greater Hindu Kush και το Lesser Hindu Kush. Το Greater Hindu Kush περιέχει τις υψηλότερες κορυφές της χώρας, συμπεριλαμβανομένου του Noshak. Το Lesser Hindu Kush βρίσκεται στα νότια του Greater Hindu Kush, και είναι λιγότερο τραχύ.
Τα κεντρικά υψίπεδα βρίσκονται ανάμεσα στα βουνά Hindu Kush και στις νότιες ερήμους και πεδιάδες. Τα υψίπεδα αποτελούνται από μια σειρά από οροπέδια και κοιλάδες. Τα οροπέδια είναι γενικά μεταξύ 1.000 και 2.000 m (3.280 και 6.560 πόδια) πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, ενώ οι κοιλάδες είναι χαμηλότερες. Τα υψίπεδα φιλοξενούν μερικές από τις μεγαλύτερες πόλεις της χώρας, όπως η Καμπούλ, το Χεράτ και η Κανταχάρ.
Οι νότιες έρημοι και τα πεδινά βρίσκονται στα νότια και δυτικά της χώρας. Οι έρημοι αποτελούνται από αμμόλοφους και αλυκές, ενώ οι πεδιάδες από εύφορες κοιλάδες. Οι νότιες έρημοι και τα πεδινά φιλοξενούν μερικές από τις σημαντικότερες γεωργικές περιοχές της χώρας.
Συνολικά, το Αφγανιστάν είναι μια χώρα με ποικίλο τοπίο, που κυμαίνεται από απόκρημνα βουνά έως ερημικές περιοχές και πεδιάδες.