Η γεωγραφία της Λιθουανίας ορίζεται από τη σύνδεσή της με τη Βαλτική Θάλασσα και ένα δίκτυο ποταμών και λιμνοθαλασσών:
Διαμορφώνει την δυτική ακτή της Λιθουανίας (90 χλμ / 56 μίλια). Είναι μια αλμυρή, εσωτερική θάλασσα συνδεδεμένη με τον Ατλαντικό μέσω των Στενών Δανίας. Κύριος λιμένας: Κλαίπεδα. Συνορεύει με 9 χώρες συνολικά.
Μια μεγάλη, ρηχή λιμνοθάλασσα χωρισμένη από τη Βαλτική από την Ακτή Κουρόνια (μια χερσόνησος αμμωδών διανέμων, Πاثολόγιο Παγκόσμιας Κληρονομιάς UNESCO). Το Στενό Κλαίπεδας τη συνδέει με τη θάλασσα. Το βόρειο μισό ανήκει στη Λιθουανία· το νότιο στη Ρωσική Περιφέρεια Καλινιγκράντ. Διακεκριμένη για παραλίες, διανέμους και την ιστορική τουριστική πόλη Νίδα.
Ο πιο μακρύς ποταμός της Λιθουανίας (937 χλμ σύνολο, 475 χλμ στη Λιθουανία). Πηγάζει στη Λευκορωσία, ρέει μέσα στη νότια Λιθουανία (Καουνας), διαμορφώνει μέρος των συνόρων με το Καλινιγκράντ, και εκκενώνει στη Λιμνοθάλασσα Κουρόνια. Ζωτικής σημασίας για μεταφορές, υδροηλεκτρική ενέργεια (Φράγμα Καουνας), και αλιεία.
Ο δεύτερος σε μήκος (234 χλμ στη Λιθουανία). Πηγάζει επίσης στη Λευκορωσία, ρέει μέσα στην πρωτεύουσα Βίλνιους, και συναντά τον Νεμουνά στα Καουνας. Σημασία για αναψυχή, υδρευση, και ιστορία.
Άλλαremarkable ύδατα περιλαμβάνουν τους ποταμούς Minija, Šventoji, και Dubysa, και πολυάριθμες παγετώδεις λίμνες στη ζώνη Εθνικού Πάρκου Αукштаϊτία.
