Ενώ και τα δύο είναι υδατικά σώματα, μια λίμνη και ο Κόλπος του Μεξικού διαφέρουν ριζικά στην προέλευση, υδρολογία και οικολογία.
Οι λίμνες είναι εσωτερικές, εγχώριες υδατικά σώματα, που κυμαίνονται από μικρές λιμνάκια έως τη Λίμνη Σούπεριωρ (82.000 τρ. χλμ²). Ο Κόλπος του Μεξικού είναι μια θαλάσσια περιφέρεια του Ατλαντικού Ωκεανού, που εκτείνεται ~1,55 εκατ. τρ. χλμ² — μεγαλύτερος από πολλές χώρες. Συνδέεται με τον Ατλαντικό μέσω της Στενής της Φλόριντας και με την Καραϊβική μέσω του Καναλιού Γιουκατάν.
Οι λίμνες είναι τυπικά γλυκύς νερό (<0,5 ppt αλμυρότητα), τρεφόμενα από ποταμούς, βροχή, υφαιστικό νερό. Μερικές είναι αλκαλικές (Μεγάλη Αλυκή Λίμνη, Νεκρή Θάλασσα) λόγω εξάτμισης χωρίς έξοδο. Ο Κόλπος είναι αλυκό νερό, μέση 36 ppt (μέρη ανά χίλια), παρόμοια με ανοιχτή θάλασσα. Η αλμυρότητα ποικίλλει κοντά στα δέλτα ποταμών (π.χ. πλάσμα Μισισιπι).
Οι λίμνες δεν έχουν αστρονομικούς παλμούς (seiches — ανεμογενείς ταλαντώσεις — συμβαίνουν). Ο Κόλπος διαπεριέχει ημερήσιους και ημιημερήσιους παλμούς (εμβέλεια 0,3–1 μ), που οδηγούνται από σεληνιακή/ηλιακή βαρύτητα, επηρεάζοντας πλοήγηση, οικολογία και πλημμυρικά κατακλύσματα.
Λιμναϊκά ρεύματα είναι ανεμογενή, θερμικά, ή ροή-οδηγούμενα — γενικά πιο αργά. Ο Κόλπος έχει το ισχυρό Ρεύμα Loop (μέρος του Gulf Stream), renderers, και ακτογενή ανεμογενή ρεύματα, μεταφέροντας θερμότητα, θρεπτικά, λάρβακες και ρύπανση στο λεκανικό.
Οι λίμνες φιλοξενούν γλυκύνερα είδη: μπάρμπουνια, πστροφά, πέρκα, γατούψαρα, μύδιες, φυτοπλαγκτόν, ζωοπλαγκτόν. Ο Κόλπος υποστηρίζει θαλάσσια βιοποικιλότητα: ραφίδες κοραλλιών (Flower Garden Banks), εμπορικά ψάρια (κόκκινο σναππερ, γαρίδες, τούνες), καρχαρίες, δελφίνες, θαλασσίες χελώνες, μανάτιδες, και τεράστιες ανθίσεις φυτοπλαγκτόν.
Οι λίμνες παρέχουν πόσιμο νερό, άρδευση, αναψυχή, υδροηλεκτρισμό, βιότοπο. Ο Κόλπος παρέχει αλιεία ($1Mld+ ετησίως), πετρέλαιο/αέριο (20% παραγωγής ΗΠΑ), ναυτιλία, τουρισμό, αποσύνθεση άνθρακα, και προστασία από κυκλώνες (υγρότοποι).
Βασικά: οι λίμνες είναι ηπειρωτικά γλυκύ νερό χαρακτηριστικά· ο Κόλπος είναι ωκεανική λεκάνη — αλυκή, παλμική, ρεύμα-κομμένη, και οικολογικά θαλάσσια.
