Το Μισιόν Σαν Μιγουέλ Αρханγέλ, ιδρυμένο το 1797 στην παρούσα Σαν Μιγουέλ, Καλιφόρνια (Κοιλάδα Σαλίνας), αντιμετώπισε διαχρονικές προκλήσεις που υποκόψαν την ζωτικότητά του πολύ πριν τη σακουλαρίση.
Τοποθετημένο σε ημι-αριδή περιοχή με αβέβαιο υετό, το μισιόν άντεξε να εξασφαλίσει νερό για άρδευση, ζωοτεχνία και οικιακή χρήση. Ο Ποταμός Σαν Μιγουέλ (εποχιακός) και το περιορισμένο υφαιστικό νερό δεν μπορούσαν να υποστηρίξουν εκτεταμένη γεωργία. Οι ασεκίες (άρδευση σηραγγές) χτίστηκαν, αλλά οι ξηρασίες προκαλούσαν συχνή αποτυχία καλλιεργειών, απειλώντας την τροφική απόσβεση του πληθυσμού νεοφώτιστων (μεταβεβλημένων Ιθαγενών Αμερικανών).
Οι εισαχθείσες ευρωπαϊκές ασθένειες — μπαζώδες, βολεντιά, ελονοσία, δυσεντερία — εξαφάνισαν τους λαούς Σαλινάν και Γιόκκουτς. Οι ποσοστιαίες θνησιμότητες συχνά ξεπερνούσαν το 50% κατά τις επιδημίες. Το νοσοκομείο του μισιόν υπερφορτιζόταν· η παραδοσιακή θεραπεία καταργούνταν. Ο πληθυσμιακός καταρράκτης φθόρα τη βάση εργασίας και την πνευματική κοινότητα.
Το σύστημα μισιόνων διαταράχτυε παραδοσιακούς τρόπους ζωής, χρήσεις γης και κοινωνικές δομές. Ορισμένες ομάδες Σαλινάν και Γιόκκουτς αντέστησαν μέσω επιδρομών στο ζωοτεκνία, επιθέσεων στην ιδιοκτησία μισιόν και φυγής (φυγιμισμός). Η επανάσταση Τσουμάς του 1824 (αν και κεντρισμένη στη Σάντα Ινές) αντανακλά ευρύτερη αναστάτωση. Στρατιωτικές αντιμετρώπεις επέτειναν περαιτέρω τις σχέσεις.
Οι νόμοι σακουλαρίσης του Μεξικού το 1833 μετέφεραν τις γης μισιόνων σε ιδιωτικά ραντσός. Οι γης του Σαν Μιγουέλ χορηγήθηκαν στον Πετρονίλιο Ρίους και Γουίλιαμ Ρειντ το 1846. Ο ναός εκφυλίσθηκε· η κοινότητα νεοφώτιστων διασκορπίστηκε. Το μισιόν εγκαταλείφθηκε αποτελεσματικά μέχρι την επιστροφή του στην Καθολική Εκκλησία το 1859 και την αποκατάσταση του 20ου αιώνα.
Αυτές οι διαπλεκόμενες προκλήσεις — περιβαλλοντικές, επιδημιολογικές, κοινωνικές και πολιτικές — αποτελούν παράδειγμα της φθορότητας του καλιφορνιακού συστήματος μισιόνων.
