* Ασθένεια: Οι ιεραπόστολοι αντιμετώπισαν επίσης μια σειρά από ασθένειες, όπως η ελονοσία, η ευλογιά και η ιλαρά. Αυτές οι ασθένειες συχνά αποδεκάτιζαν τον γηγενή πληθυσμό και δυσκόλευαν τους ιεραπόστολους να διαδώσουν την πίστη τους.
* Επιθέσεις από ιθαγενείς Αμερικανούς: Η αποστολή San Miguel δέχτηκε επίσης επίθεση από ιθαγενείς της Αμερικής σε πολλές περιπτώσεις. Αυτές οι επιθέσεις συχνά υποκινούνταν από την επιθυμία των ιθαγενών Αμερικανών να προστατεύσουν τη γη και τον τρόπο ζωής τους.
* Εκκοσμίκευση: Το 1834, η μεξικανική κυβέρνηση ψήφισε νόμο που εκκοσμίκευε όλες τις αποστολές στην Καλιφόρνια. Αυτό σήμαινε ότι οι αποστολές δεν ελέγχονταν πλέον από την Καθολική Εκκλησία και τα εδάφη τους εκποιήθηκαν σε ιδιώτες. Αυτό είχε καταστροφικό αντίκτυπο στην αποστολή San Miguel, η οποία έχασε το μεγαλύτερο μέρος της γης της και τελικά εγκαταλείφθηκε.
