1. Συνομοσπονδιακό Επάγγελμα: Στις αρχές του 1862, οι Συνομοσπονδιακές δυνάμεις με επικεφαλής τον στρατηγό Henry H. Sibley ξεκίνησαν μια εκστρατεία για να καταλάβουν το Νέο Μεξικό και να εξασφαλίσουν τη νοτιοδυτική περιοχή για τη Συνομοσπονδία. Ο Συνομοσπονδιακός στρατός κατέλαβε τη Σάντα Φε, την εδαφική πρωτεύουσα, και έλεγχε για λίγο μεγάλο μέρος της επικράτειας.
2. Battle of Glorieta Pass: Η αποφασιστική μάχη του Εμφυλίου Πολέμου στο Νέο Μεξικό έλαβε χώρα στο πέρασμα Glorieta τον Μάρτιο του 1862. Οι δυνάμεις της Ένωσης, συμπεριλαμβανομένων εθελοντών από το Κολοράντο και το Νέο Μεξικό, νίκησαν τον Συνομοσπονδιακό στρατό και τους εμπόδισαν να αποκτήσουν περαιτέρω έλεγχο της επικράτειας.
3. Εδαφική Πολιτική: Ο Εμφύλιος Πόλεμος επηρέασε επίσης την εδαφική πολιτική στο Νέο Μεξικό. Η περιοχή ήταν βαθιά διχασμένη ανάμεσα σε φατρίες υπέρ της Ένωσης και υπέρ της Συνομοσπονδίας, οδηγώντας σε πολιτικές εντάσεις και συγκρούσεις εντός της επικράτειας.
4. Οικονομική αναστάτωση: Ο Εμφύλιος Πόλεμος διέκοψε τις εμπορικές και οικονομικές δραστηριότητες στο Νέο Μεξικό. Η οικονομία της περιοχής εξαρτιόταν σε μεγάλο βαθμό από τη γεωργία και την κτηνοτροφία, τα οποία επηρεάστηκαν από τις αναταραχές που σχετίζονται με τον πόλεμο.
5. Αυξημένη στρατιωτική παρουσία: Η παρουσία των στρατευμάτων της Ένωσης και η εγκατάσταση στρατιωτικών εγκαταστάσεων στο Νέο Μεξικό κατά τη διάρκεια του Εμφυλίου Πολέμου συνέβαλαν στην ανάπτυξη των στρατιωτικών οικισμών και στην ανάπτυξη υποδομών στην επικράτεια.
6. Διακήρυξη Χειραφέτησης: Αν και το Νέο Μεξικό δεν ήταν μια περιοχή σκλάβων, η Διακήρυξη Χειραφέτησης που εκδόθηκε από τον Πρόεδρο Αβραάμ Λίνκολν το 1863 διακήρυξε την ελευθερία για όλους τους σκλάβους σε εδάφη της Συνομοσπονδίας. Αυτό είχε συνέπειες για τυχόν πιθανούς δραπέτες ή υπόδουλους στο Νέο Μεξικό.
Συνολικά, ενώ το Νέο Μεξικό δεν συμμετείχε άμεσα στις μεγάλες μάχες του Εμφυλίου Πολέμου, εξακολουθούσε να αντιμετωπίζει σημαντικές συνέπειες και διαιρέσεις λόγω της στρατηγικής του θέσης και της παρουσίας τόσο της Ένωσης όσο και των Συνομοσπονδιακών δυνάμεων κατά τη διάρκεια της σύγκρουσης.
