Η αποστολή ιδρύθηκε από τον πατέρα Junípero Serra, τον πρόεδρο των αποστολών της Καλιφόρνια, και στελεχώθηκε από Φραγκισκανούς μοναχούς από το Κολλέγιο του San Fernando στην Πόλη του Μεξικού. Σκοπός της αποστολής ήταν να προσηλυτίσει τους ντόπιους ιθαγενείς της Αμερικής στον καθολικισμό και να τους διδάξει ευρωπαϊκές γεωργικές και βιομηχανικές δεξιότητες.
Η αποστολή πέτυχε να προσηλυτίσει πολλούς ιθαγενείς Αμερικανούς και έγινε επίσης κέντρο οικονομικής δραστηριότητας για την περιοχή. Η αποστολή παρήγαγε μια ποικιλία γεωργικών προϊόντων, όπως σιτάρι, καλαμπόκι και φασόλια, και είχε επίσης ένα μεγάλο κοπάδι βοοειδών. Η αποστολή χρησίμευσε επίσης ως εμπορικός σταθμός για τους Ισπανούς και τους ιθαγενείς Αμερικανούς.
Το 1833, η μεξικανική κυβέρνηση εκκοσμίκευσε την αποστολή και εγκαταλείφθηκε από τους Φραγκισκανούς. Η αποστολή χρησιμοποιήθηκε αργότερα ως στρατιωτική θέση και σχολείο. Το 1907, η αποστολή αποκαταστάθηκε από την Καθολική Εκκλησία και είναι πλέον δημοφιλής τουριστικός προορισμός.
Σήμερα, το Mission San Carlos Borromeo de Carmelo είναι ένα εθνικό ιστορικό ορόσημο και είναι ένας από τους πιο δημοφιλείς τουριστικούς προορισμούς στην Καλιφόρνια. Η αποστολή είναι ανοιχτή στο κοινό καθημερινά και οι επισκέπτες μπορούν να μάθουν για την ιστορία, την αρχιτεκτονική και τη ζωή των ιθαγενών Αμερικανών και των Φραγκισκανών μοναχών που ζούσαν εκεί.
