Το συγκρότημα της αποστολής περιλαμβάνει μια εκκλησία, ένα μοναστήρι, ένα νεκροταφείο και ένα μουσείο. Η εκκλησία είναι ένα όμορφο παράδειγμα ισπανικής αποικιακής αρχιτεκτονικής. Χτίστηκε το 1782 και έχει αποκατασταθεί στην αρχική του κατάσταση. Το μοναστήρι είναι επίσης ένα όμορφο κτίριο. Χτίστηκε το 1784 και χρησίμευε ως σπίτι για τους Φραγκισκανούς μοναχούς που διετέλεσαν την αποστολή. Το νεκροταφείο βρίσκεται πίσω από την εκκλησία. Περιέχει τους τάφους πολλών από τους πρώτους κατοίκους της αποστολής. Το μουσείο βρίσκεται στον πρώην σιταποθήκη της αποστολής. Περιέχει εκθέματα για την ιστορία της αποστολής και τη ζωή του πατέρα Junípero Serra.
Η Mission Basilica San Juan Capistrano είναι ένας δημοφιλής τουριστικός προορισμός. Είναι ένα όμορφο και ιστορικό μέρος που προσφέρει μια ματιά στην πρώιμη ιστορία της Καλιφόρνια.
