1. Ασθένεια :Ευρωπαϊκές ασθένειες όπως η ευλογιά, η ιλαρά και ο τύφος κατέστρεψαν τους γηγενείς πληθυσμούς στην Αμερική, αποδεκατίζοντας το εργατικό δυναμικό και αναστατώνοντας τις αυτόχθονες κοινωνίες.
2. Υπερεργασία και σκληρή μεταχείριση :Οι Ισπανοί συχνά υπέβαλαν τους ιθαγενείς σε σκληρές συνθήκες εργασίας, πολλές ώρες και σωματικές τιμωρίες, που οδηγούσαν σε δυσαρέσκεια και αντίσταση.
3. Πολιτιστικές και θρησκευτικές συγκρούσεις :Οι Ισπανοί προσπάθησαν να επιβάλουν την καθολική τους πίστη και τα ευρωπαϊκά έθιμα στους αυτόχθονες πληθυσμούς, κάτι που συχνά οδηγούσε σε συγκρούσεις και αντίσταση.
4. Έλλειψη πόρων και υποστήριξης :Το ισπανικό στέμμα συχνά απέτυχε να παράσχει επαρκείς πόρους και υποστήριξη στις αποστολές, οδηγώντας σε ελλείψεις τροφίμων, προμηθειών και ανθρώπινου δυναμικού.
5. Συγκρούσεις με αποίκους και άλλες ευρωπαϊκές δυνάμεις :Οι αποστολές εμπλέκονταν συχνά σε συγκρούσεις μεταξύ Ισπανών αποίκων, άλλων ευρωπαϊκών δυνάμεων και φυλών ιθαγενών της Αμερικής, με αποτέλεσμα την καταστροφή ή την εγκατάλειψή τους.
6. Πολιτική και οικονομική παρακμή της Ισπανίας :Η παρακμή της Ισπανικής Αυτοκρατορίας τον 18ο και 19ο αιώνα συνέβαλε επίσης στην παρακμή και την τελική αποτυχία των αποστολών.
7. εκκοσμίκευση :Τον 19ο αιώνα, πολλές ισπανικές αποστολές εκκοσμικεύτηκαν, τα εδάφη και οι περιουσίες τους κατασχέθηκαν και οι θρησκευτικές τους λειτουργίες μεταφέρθηκαν σε τοπικές επισκοπές ή κοσμικές αρχές.
8. Εγγενής Αντίσταση :Οι ιθαγενείς αμερικανικές φυλές αντιστέκονταν συχνά στον ισπανικό αποικισμό και στις αποστολές, οδηγώντας σε συγκρούσεις, εξεγέρσεις και στην τελική αποτυχία των αποστολών να επιτύχουν τους στόχους τους.
