Η ίδια η Μεγάλη Κοραλλιογενής Αγκυροβόλος είναι ένα υδατικό οικοσύστημα και δεν μπορεί να καεί. Ωστόσο, τα νησιά και οι παρακτιές περιοχές που την περιβάλλουν μπορούν να βιώσουν πυρκαγιές, ειδικά κατά την ξηρή περίοδο της Αυστραλίας.
Αστραπές, ανθρώπινη δραστηριότητα και ξηρό καιρό μπορεί να ανάψουν βλάστηση στα νησιά της αγκυροβόλου και την κοντινή ηπειρωτική. Αυτές οι πυρκαγιές διαχειρίζονται οι τοπικές αρχές πυρόσβεσης και σπάνια επηρεάζουν απευθείας τον θαλάσσιο πάρκο.
Οι τουρίστες που επισκέπτονται την αγκυροβόλο πρέπει να ενημερώνονται για τις τοπικές προειδοποιήσεις πυρκαγιάς, να ακολουθούν τις οδηγίες του πάρκου και να συμμορφώνονται με τυχόν διαταγές διασώσεως για νησιωτικούς προορισμούς.
