Ωστόσο, παρά τους παράγοντες που συνέβαλαν στη σταθερότητα, υπήρχαν αξιοσημείωτες πηγές συγκρούσεων στην πρώιμη Νέα Αγγλία.
1 θρησκευτική διαφωνία:Ενώ οι Πουριτάνες ενοποιήθηκαν σε μεγάλο βαθμό από τις θρησκευτικές τους πεποιθήσεις, υπήρχαν διαφωνούντες μέσα στην κοινότητα που αποκλίνει από την αυστηρή Καλβινιστική Ορθοδοξία. Αξιοσημείωτες φιγούρες όπως ο Roger Williams και η Anne Hutchinson αντιμετώπισαν τις δίωξη για τις μη συμμορφωμένες απόψεις τους, οδηγώντας στην αποχώρησή τους από την αποικία της Μασαχουσέτης.
2. Σχέσεις με τους Ιθαγενείς Αμερικανούς:Η απόκτηση γης από τους εποίκους μέσω του εμπορίου και μερικές φορές η ολοκλήρωση οδήγησε σε συγκρούσεις με τις αυτόχθονες κοινότητες. Αξιοσημείωτα περιστατικά όπως ο πόλεμος Pequot (1637) και ο πόλεμος του King Philip (1675-1676) σηματοδότησαν βίαιες αντιπαραθέσεις μεταξύ ευρωπαίων εποίκων και φυλών ιθαγενών.
3. Witchcraft Hysteria:Οι περίφημες δοκιμασίες μάγισσας Salem του 1692 παραδείγματα μιας περιόδου θρησκευτικής θέρμανσης και παρανοίας μέσα σε ορισμένες κοινότητες του Puritan. Κατά τη διάρκεια αυτού του επεισοδίου, οι αθώοι άνθρωποι κατηγορήθηκαν για μαγεία με βάση φασματικά στοιχεία, οδηγώντας στην εκτέλεση 20 ατόμων.
4. Κοινωνικοοικονομική ανισότητα:Αν και η πρώιμη Νέα Αγγλία ήταν πιο ισότιμη από τη σύγχρονη αγγλική κοινωνία, υπήρχαν ακόμα ανισότητες στον πλούτο και το καθεστώς. Ορισμένα άτομα, όπως οι έμποροι και τα μέλη του κληρικού, κατέχουν πιο σημαντικούς ρόλους και απολάμβαναν μεγαλύτερα οικονομικά προνόμια σε σύγκριση με άλλα.
5. Τα όρια και οι εδαφικές διαμάχες:Καθώς οι αποικίες της Νέας Αγγλίας επεκτάθηκαν, οι διαμάχες προέκυψαν από όρια, ιδιοκτησία γης και δικαιοδοσία. Οι συγκρούσεις με γειτονικές αγγλικές αποικίες, όπως η διαμάχη του Κοννέκτικατ με τη Νέα Υόρκη στα σύνορα του δυτικού Κοννέκτικατ, οδήγησαν σε εντάσεις και ακόμη και ένοπλες αντιπαραθέσεις.
