Αν και η Λίμνη Οντάριο είναι γνωστή για τις πανόραμες μπλε νερών της, η λίμνη, χάρη στην ρύπανση, την αλλαγή habitat και την υπεραλιεία, είναι επίσης σπίτι αριθμητών απειλούμενων ειδών ψαριών. Μερικά από τα πιο διαβόητα απειλούμενα ψάρια της Λίμνης Οντάριο περιλαμβάνουν το Pugnose Shiner, το Spoonhead και Deepwater Sculpin και το Lake Sturgeon.
Το Pugnose Shiner, το οποίο σπάνια ξεπερνά τα 2 ίντσες μήκους, είναι ένα από τα σπανιότερα ψάρια ψαρών που βρίσκονται στην Βόρεια Αμερική. Διακρίνεται από την χορτοφάγια πλάτη του, ασημένιες πλευρές, λευκή κοιλιά και μικρό αναπτυσσόμενο στόμα. Το Pugnose Shiner ζει στη Λίμνη Οντάριο και στον Ποταμό St. Lawrence και σπάνια βλέπεται από ανθρώπους λόγω του μικρού πληθυσμού του ψαριού.
Το Spoonhead Sculpin διακρίνεται από την πλατιά, τριγωνική κεφαλή του, το μεγάλο στόμα και τις πτερυγιαίες πτερύγες, μικρά μάτια και προπερκεράτιδα ραχίδα. Αντί για ομαλές φολίδες, το σώμα του Spoonhead Sculpin βριστούει από κίτρινα και ελαιόβερδε ακανθώδεις φολίδες. Το Spoonhead Sculpin είναι γενικά 1,5 έως 2,5 ίντσες μήκους και μπορεί να φτάσει έως 5 ίντσες. Αυτά τα βαθιά νερά ψάρια περιήλικαν ποτέ στη Λίμνη Οντάριο και τη Λίμνη Eerie, αλλά έχουν μειωθεί δραματικά σε αριθμούς.
Το Deepwater Sculpin είναι το μεγαλύτερο από τα sculpins της Λίμνης Οντάριο και μπορεί να μεγαλώσει έως 9 ίντσες μήκους. Το ψάρι διακρίνεται από το μακρύ σώμα του, το μυτερό στόμα και την πλατιά κεφαλή. Το Deepwater Sculpin κατοικεί στη Λίμνη Οντάριο 240 έως 300 πόδια κάτω από την επιφάνεια της λίμνης. Η μείωση του Deepwater Sculpin υποθέτεται να οφείλεται στην άνοδο ενός ανταγωνιστή, rainbow smelt, το οποίο ανταγωνίζεται με το sculpin για φαγητό.
Το μεγαλύτερο γλυκόνερο ψάρι της Νέας Υόρκης, το Lake Sturgeon, μπορεί να μεγαλώσει μεταξύ 3 και 5 ποδιών μήκους και έως 80 λίτρες βάρους. Το sturgeon χαρακτηρίζεται από το τορπεδόειδές σώμα του και το θαμπό γκρι χρώμα. Η μείωση του πληθυσμού sturgeon οφείλεται στην υπερεξploitation λόγω υψηλής ζήτησης για το καβιάρ και το καπνισμένο κρέας του sturgeon, την κατασκευή φραγμάτων που αποκόπτουν την πρόσβαση σε περιοχές αναπαραγωγής και τη ρύπανση.
