Η ερήμος Mojave είναι καταφύγιο για ένα μεγάλο εύρος ζωικής και φυτικής ζωής. Ωστόσο, πολλά από τα είδη που ζουν στην ερήμο είναι σε κίνδυνο εξαφάνισης. Η ανθρώπινη αλλοίωση ή καταστροφή habitats στην ερήμο Mojave, με μέθοδους όπως δρόμοι και κτίρια κατασκευή, ρύπανση και γεωργία, θα μπορούσε να σημαίνει ότι μερικά από αυτά τα ευάλωτα φυτόζωα δεν θα υπάρχει πλέον στο μέλλον. Ωστόσο, με ομοσπονδιακή προστασία, τα απειλούμενα είδη μπορούν συχνά να επιστρέψουν από το λιμάνι της εξαφάνισης.
Η καλοifornική καφέ πελικάνου, το Least Bell's vireo και το Yuma clapper rail είναι τρία απειλούμενα είδη πουλιών που υπάρχουν στην ερήμο Mojave, από αρχές 2011. Ο πληθυσμός Least Bell's vireo στην Αμερική είχε πέσει σε περίπου 300 πουλιά πριν προστατευθεί ομοσπονδιακά το 1986, όταν έκανε comeback. Το εικονικό κάργια άετός ήταν μια success story για τους διατηρητές, αφαιρεθείς από τη Λίστα Ομοσπονδιακών Απειλούμενων και Ευάλωτων Ζώων και Φυτών το 2007.
Έξι είδη ψαριών στην ερήμο Mojave θεωρούνται υπό απειλή εξαφάνισης, από το 2011, συμπεριλαμβανομένων bonytail chub, Colorado squawfish, devil's hole pupfish, Mohave tui chub, humpback chub και razorback sucker. Το Mohave tui chub ήταν μοναδικό στην περιοχή, αλλά δεν υπάρχει πλέον στην άγρια φύση λόγω predation από το mosquito fish και την άφιξη invasive species στο Mojave River Basin. Οι επιστήμονες εργάζονται για να σώσουν το Mohave tui chub από εξαφάνιση σε ελεγχόμενες εργαστηριακές συνθήκες.
Τρία είδη θηλαστικών στην ερήμο Mojave θεωρούνται είτε ευαίσθητα στην απειλή εξαφάνισης, είτε υποψήφια για ομοσπονδιακή καταχώρηση. Το Townsend's big-eared bat και το Amargosa southern pocket gopher θεωρούνται υποψήφια, ενώ η κατάσταση desert bighorn sheep είναι «sensitive». Το λιοντάρι βουνού, ή cougar, είναι special concern στην Καλοφόρνια λόγω αυξανόμενης αστικοποίησης, η οποία έχει επεκτείνει στο έδαφός της και αποθαρρύνει το είδος από τη μετανάστευση για αλληλεπίδραση με πληθυσμούς cougar σε άλλα μέρη των Ηνωμένων Πολιτειών.
Ίσως το πιο γνωστό απειλούμενο είδος στην ερήμο Mojave είναι ένα ερπετό, η χελώνα Mojave Desert. Από 1996 έως 2006, κράτη και ομοσπονδιακές υπηρεσίες ξόδεψαν πάνω από $93 εκατομμύρια στη διατήρηση αυτής της χελώνας, της οποίας το critical habitat είναι σταθερά σε κίνδυνο από ανθρώπινη παρέμβαση. Σχέδια για την προστασία του είδους έχουν συμπεριλάβει εγέρση φραγμών για να αποτρέψουν την περπάτησή τους σε αυτοκινητόδρωμα και μια καταστροφική προσπάθεια μετακίνησης 770 χελώνων, για να επιτρέψουν την επέκταση ενός κέντρου στρατιωτικής εκπαίδευσης στην Καλοφόρνια. Μετά τη μετακίνηση, περισσότερες από 90 χελώνες πέθαναν και άλλες ήταν σε κίνδυνο ασθένειας πριν ανασταθεί το Οκτ. 2008.
