Ο όρος «απειλούμενο» χαρακτηρίζει ένα είδος που είναι σε κίνδυνο εξαφάνισης σε όλη την περιοχή στην οποία συνήθως βρίσκεται, σύμφωνα με την Υπηρεσία Ίχθυς και Άγρια Ζωή των ΗΠΑ. Ομοσπονδιακοί και πολιτειακοί νόμοι προστατεύουν τα απειλούμενα ζώα σε όλη την Ηνωμένη Πολιτεία. Στο Γουισκόνσιν, το Κρατικό Ψήφισμα 29415 και ο Διοικητικός Κανονισμός NR27 εγγυώνται την προστασία περισσότερων από 50 ειδών, συμπεριλαμβανομένων πολλών πουλιών, θηλαστικών και μαλακιοειδών, σύμφωνα με το Τμήμα Φυσικών Πόρων του Γουισκόνσιν.
Το Γουισκόνσιν προστατεύει τον γκρι λύκο από το 1957, αφού το είδος εξαφανίστηκε στην πολιτεία λόγω υπερβολικής κυνηγής. Οι γκρι λύκοι άρχισαν να παρακολουθούνται στο Γουισκόνσιν μέσω ραδιοτελεστίου το 1979, όταν βρέθηκαν μόνο 25 λύκοι στην πολιτεία. Ωστόσο, σύμφωνα με την Υπηρεσία Ίχθυς και Άγρια Ζωή των ΗΠΑ, η πληθυσμιακή ομάδα των λύκων αυξήθηκε από 83 σε 549 λύκους από το 1985 έως το 2008.
Το Winged mapleleaf (Quadrula fragosa) είναι ένα γλυκόνερο μύδι. Έχει πράσινο καφέ ή σκούρο καφέ παχύ κέλυφος, με διάφορες σειρές βούλες μοναδικές για αυτό το είδος. Βρίσκονται στον Ποταμό Στ. Κρουα, και είναι αυτήν τη στιγμή απειλούμενα από το εισβάλλον μύδι ζέβρα, το οποίο ανταγωνίζεται για φαγητό και χώρο. Ενδογενές της Ρωσίας, τα μύδια ζέβρα εισήχθησαν στη Βόρεια Αμερική στα τέλη της δεκαετίας του 1980.
Το Kirtland's warbler (Dendroica kirtlandii) είναι ένα πουλί τραγουδιστή που είναι αυτήν τη στιγμή απειλούμενο στο Γουισκόνσιν, σύμφωνα με δεδομένα που δημοσιεύθηκαν από την Υπηρεσία Ίχθυς και Άγρια Ζωή των ΗΠΑ. Αυτά τα πουλιά μεταναστεύουν στη νοτιοανατολική ακτή των Ηνωμένων Πολιτειών και τις Μπαχάμες κατά τον χειμώνα. Το 2008, μετά από ένα κυβερνητικό πρόγραμμα παρακολούθησης και ελέγχου παρασιτικών κατσικιών καφέ κεφάλι, η κύρια απειλή για την ανάκαμψη του Kirtland's warbler, τουλάχιστον 10 νεοσσοί warbler διέβησαν να φύγουν από τα φωλιά τους.
