Το Michigan έχει 29.687,5 τετραγωνικά μίλια δάσος που υποστηρίζουν ευρεία ποικιλία ενδημικών ειδών. Ωστόσο, η κάλυψη δάσους μόνη της δεν έχει αποτρέψει πολλά ενδημικά ζώα από την προσθήκη τους στη λίστα απειλούμενων. Παράγοντες όπως το συρρίκνωμα του habitat, η ρύπανση και το κυνήγι, σε ορισμένες περιπτώσεις, έχουν προκαλέσει πολλά είδη να γίνουν κριτικά απειλούμενα και στο όριο της εξαφάνισης.
Το Michigan καταγράφει εννέα είδη πουλιών ως απειλούμενα, συμπεριλαμβανομένων τριών πτηνών ραπίνης και διαφόρων τραγουδιστών πουλιών. Δύο είδη κουκουβάγιας θεωρούνται απειλούμενα, συμπεριλαμβανομένης της βραχywatής κουκουβάγιας, η οποία βρίσκεται σε πέντε νομούς, και της κουκουβάγιας της αμπελιάς, η οποία παρατηρήθηκε σε μόνο δύο νομούς. Ο πετρίτης φάλκον προστατεύεται από τον νόμο στην πολιτεία και ανακαμφθείει σταδιακά. Άλλα απειλούμενα πουλιά περιλαμβάνουν το σπουργίτι Henslow, το πλόβερο piping, τον πολεμιστή prairie, το σπουργίτι Kirtland, τον loggerhead shrike και το βασιλικό rail.
Το Michigan καταγράφει τέσσερα θηλαστικά ως απειλούμενα. Ο πούμα σε ένα χρόνο ήταν συχνοϋπάρχον σε δάση σε όλη την πολιτεία, αλλά έχει ωθεί στην τοπική εξαφάνιση. Δεν είναι σίγουρο αν το είδος ακόμα υπάρχει στο Michigan. Η λύγξ είναι σοβαρά απειλούμενη στο Michigan, με μόνο λίγες οψίες στην Ano Peninsula. Το prairie vole είναι νομικά προστατευμένο στην πολιτεία και περιορίζεται σε λίγους νομούς νοτιοδυτικά. Επίσης στη λίστα είναι η νυχτερίδα Indiana, η οποία βρίσκεται σε μικρούς αριθμούς στους νομούς νότια και είναι νομικά προστατευμένη.
Το Michigan έχει μόνο δύο απειλούμενα ερπετά, και τα δύο είναι φίδια. Το μικρό φίδι Kirtland, το οποίο δεν μεγαλώνει πολύ περισσότερο από 2 πόδια, είναι νομικά προστατευμένο. Θεωρείται επίσης είδος απειλούμενο παγκοσμίως. Το φίδι copper belly, ένα μη δηλητηριώδες είδος, θεωρείται κριτικά απειλούμενο στην πολιτεία και υπό κίνδυνο παγκοσμίως. Και τα δύο βρίσκονται μόνο στους νομούς νότια της πολιτείας.
Από τα 22 ενδημικά είδη αμφιβίων της πολιτείας, μόνο δύο είναι απειλούμενα. Και τα δύο είναι σαλαμάνδρες. Η μαρμαρυγμένη σαλαμάνδρα είναι στη νομικά προστατευμένη λίστα και πιστεύεται ότι είναι μόνο σε λίγους νομούς νοτιοδυτικά. Η σαλαμάνδρα small-mouth βρίσκεται αποκλειστικά σε νομούς νοτιοανατολικά. Η small-mouth προστατεύεται από τον νόμο της πολιτείας, αλλά ως παγκόσμιο είδος θεωρείται ασφαλές.
