Η Υψηλή Έρημος του Όρεγον καλύπτει το μεγαλύτερο μέρος της νοτιοδυτικής άκρης της πολιτείας. Αυτή η περιοχή είναι μίγμα τόσο γυμνού εδάφους όσο και βλάστησης καθώς οι ξερές περιοχές των Rocky Mountains συναντιούνται με την άγρια φύση για την οποία είναι γνωστή η Βόρεια Δυτική. Πάνω από 300 είδη ζώων ζουν γύρω από την περιοχή της Υψηλής Έρημου.
Ένας αριθμός μεγάλων γατούρων κάνει λιμενικά τα ερημικά εδάφη, κυρίως γατούρνες και κούγκαρες. Καρνιβόρα κουνουπίδια είναι επίσης αφθονά, τα οποία περιλαμβάνουν κόκκινες και γκρίζες αλεπούδες και κογιώτες. Ο αριθμός των κυνηγητικών έχει αυξηθεί σημαντικά από την απαγόρευση κυνηγετικού τους το 1994, ειδικά των κουγκαρών, και αυτό οδήγησε το Σχέδιο Διαχείρισης Κουγκαρών Όρεγον να ξανααρχίσει να κυνηγάει σε προσπάθεια να μειώσει τους αριθμούς τους.
Μεγάλα φυτοφάγα μπορούν να κατοικούν σε οποιοδήποτε μέρος της περιοχής όπου φυτρώνουν φυτά. Μεγάλος αριθμός πρόγκας ανтилόπης, βουνού προβάτων και μούλο ελάφων κατοικεί στο Εθνικό Φρούριο Ανтилόπης Χάρτ Μάουντεν, ένα φυσικό φρούριο που βρίσκεται περίπου 105 χιλιόμετρα (65 μίλια) από την πλησιέστερη πόλη. Το Εθνικό Φρούριο Ανтилόπης ιδρύθηκε το 1936 για να βοηθήσει στη διατήρηση των ανтилόπων πρόγκας που κατοικούν στην περιοχή της ερήμου. Ελάφια και ελάφια κυνηγούνται συχνά σε άλλα μέρη της ερήμου.
Διάφοροι τύποι γλιτομυών κουνιούνται σε αυτά τα εδάφη. Τρέφονται από ό,τι φυτά μπορούν να αναπτύξουν στην σκληρή περιοχή, αλλά μπορούν να είναι και θήραμα για τα καρνιβόρα στην περιοχή. Οι σκιούροι είναι μεταξύ των πιο αφθονών, με χρυσό-μαντο, ανтилόπη, σπειρλό, Μπέλντινγκ και Τάουνσεντ μεταξύ των γνωστών τύπων. Πολλαπλά είδη κουνελλιών ζουν στην έρημο, συμπεριλαμβανομένων μαυροουράς jackrabbits, κουνελλιών βαμβάκια και πυγμαίων κουνελλιών. Τσικμούνκια και γοφφείς είναι επίσης αφθονά, μαζί με πολυάριθμους τύπους ποντικιών που περιλαμβάνουν ποντίκια τσέπης, ποντίκια ακριδοπόντικα και ποντίκια ελάφους. Πολλά από αυτά τα γλιτομυά ζουν επίσης γύρω από την Έρημο Κακών Ορεγόν, όπου αρτεμισιές και σκληρά χόρτα αναπτύσσονται.
Τα πουλιά αποτελούν τον πιο αφθονό τύπο ζώου στην έρημο· υπάρχουν σχεδόν 240 είδη μόνο στο Φρούριο Χάρτ Μάουντεν. Αυτά περιλαμβάνουν πουλιά θήρας όπως φαλακροί αετοί, πραϊριέ φάλκο, κουκουβάγιες και γερακοί. Υπάρχουν επίσης πολλά μικρότερα είδη πουλιών που περιλαμβάνουν φυλλοσκόπους, τσιτσαλιδές, τσουρίδες, μπλε πουλιά και ξυλοκόπους.
