Οι Allegheny, Susquehanna, Ohio, Delaware, Monongahela και Schuylkill είναι οι κύριοι ποταμοί που διατρέχουν τη Πενσυλβανία. Οι περισσότεροι έχουν διακλαδώσεις, που καλούνται ρυάκια ή κλάδοι, που επίσης διατρέχουν την πολιτεία. Άλλοι σημαντικοί ποταμοί στη Πενσυλβανία περιλαμβάνουν τους Lackawanna, Lackawaxen, Juniata, Lehigh και Potomac. Μικροί ποταμοί που διατρέχουν τη Πενσυλβανία περιλαμβάνουν τους Christina, Little Schuylkill, Conestoga, Little Juniata, Cowanesque, Tioga, Mahoning, Shenango, Conemaugh, Little Conemaugh, Stoneycreek, Kiskiminetas, Clarion, Cheat και Beaver.
Ο ποταμός Monongahela, ο οποίος προκύπτει στη Δυτική Βιργινία, ρέει περίπου 130 μίλια βορειwärts προς το Πίτσμπουργκ. Εκεί, ενώνεται με τον ποταμό Allegheny για να γίνει ο ποταμός Ohio. Ο Monongahela χρησιμοποιείται για εμπορικό φορτίο βάρκων· χάλυβας, σίδηρος και άνθρακας είναι μεταξύ των αντικειμένων που περνούν μέσω των 106 μιλίων κλειδαρίων του.
Ο ποταμός Ohio, ο οποίος τρέχει για 98 μίλια στη Πενσυλβανία, προκύπτει στο Πίτσμπουργκ ως το συνδυασμένο σώμα νερού που σχηματίζεται από την ένωση των ποταμών Allegheny και Monongahela. Ρέει βορειοδυτικά έξω από την πολιτεία και τελικά στη Μισισιπή στο Cairo, Illinois.
Ο Allegheny τρέχει 321 μίλια βόρεια από το comté Potter στη Πενσυλβανία στα σύνορα της πολιτείας New York, μετά νοτιwards προς το Πίτσμπουργκ όπου ενώνεται με τον Monongahela για να σχηματίσει τον ποταμό Ohio.
Ο ποταμός Delaware προκύπτει στα βουνά Catskill της New York και ρέει περίπου 375 μίλια μέσω της Πενσυλβανίας καθώς και της Νέας Τζέρσεϊ και Delaware. Έχει τρεις κύριες υπολειτουργίες στην Πενσυλβανία: τον Lackawaxen, τον Lehigh και τον Schuylkill. Ο Schuylkill έχει δύο κλάδους, τον East Branch (που ξεκινά στα Αппаλάχια) και τον West Branch (που ξεκινά στο Minersville, Πενσυλβανία); οι δύο κλάδοι ενώνονται στο Schuylkill Haven). Ο Schuylkill τρέχει μέσω Pottsville, Reading, Norristown και στην Φιλαδέλφεια όπου ρέει στην κεφαλή του Delaware.
Ο Susquehanna είναι ο 16ος μεγαλύτερος ποταμός της Αμερικής. Τρέχει περίπου 444 μίλια νότια και νοτιοανατολικά από τη New York, εισέρχεται στη Πενσυλβανία ακριβώς βόρεια του Sayre και ρέει μέσω Scranton και Harrisburg και στη Μέριλαντ όπου αδειάζει στο Χέσαπικ Körfez. Οι υπολειτουργίες του περιλαμβάνουν τους ποταμούς Lackawanna, Chemung (μια λέξη Iroquois που σημαίνει "κέρας στο νερό", ονομάστηκε έτσι γιατί βρέθηκαν δοντιά μαμουθ σε αυτόν) και Juniata. Παρά το μήκος του, ο Susquehanna δεν pernah είναι σημαντική εμπορική υδροδιαδρομή επειδή υπάρχουν συχνές εμποδίες κατά τη διαδρομή του, συμπεριλαμβανομένων ραπτούς.
