Οι μεταδοτικές ασθένειες παραμένουν η κύρια αιτία θανάτου στην Αφρική, λογίζοντας για πάνω από το μισό όλων των θανάτων. Οι πιο διαδεδομένες περιλαμβάνουν την ελονοσία, HIV/AIDS, φθίση, διαιρρικές ασθένειες και αναπνευστικές λοίμωξεις.
Οι μη μεταδοτικές ασθένειες (NCDs) γίνονται γρήγορα σημαντικό βάρος υγείας λόγω αλλαγών στη διατροφή, αστικοποίησης και γηρασκούμενου πληθυσμού. Καρδιαγγειακές ασθένειες, διαβήτης, καρκίνος και χρόνιες αναπνευστικές παθήσεις είναι οι πιο συχνές NCDs.
Η ψυχική υγεία είναι σοβαρά παραμελημένο ζήτημα, με περιορισμένους πόρους και υπηρεσίες. Κατάθλιψη, άγχος και سوء χρήση ουσιών είναι οι πιο διαδεδομένες καταστάσεις.
Υψηλοί ρυθμοί μητρικής και βρεφικής θνησιμότητας επιμένουν. Κύριες αιτίες μητρικού θανάτου περιλαμβάνουν αιμορραγία, σηψία, δυστοκία και εκλαμψία. Οι βρεφικοί θάνατοι οφείλονται κυρίως σε προγεννησία, χαμηλό βάρος γέννησης και διάρροια.
Η υποδιατροφή επηρεάζει πάνω από το μισό του πληθυσμού. Πρωτεϊνική-ενεργειακή υποδιατροφή, έλλειψη βιταμίνης Α και ιόδου είναι οι πιο συχνές μορφές.