Το Μαρόκο είναι ιδρυτικό μέλος της Αφρικανικής Ένωσης (ΑΕ). Ήταν ένα από τα 32 υπογραφεῖς της Χάρτης Οργανισμού Αφρικής Ενότητας (ΟΑΕ) στις 25 Μαΐου 1963 στην Αδίς Αμπέβα.
Το Μαρόκο αποσυρθηκε από την ΟΑΕ το 1984 μόλις ο οργανισμός δέχθηκε τη Αραβική Σαχραϊκή Δημοκρατική Δημοκρατία (ΑΣΔΔ) — το κηρυγμένο κράτος του Μετώπου Πόλις για τη Δυτική Σαχάρα, την οποία το Μαρόκο διεκδικεί ως νότιες επαρχίες του. ο διαφορενδ για τη Δυτική Σαχάρα οδήγησε σε 33-ετούσια απουσία.
Το Μαρόκο επανήλθε στην ΑΕ στις 30 Ιανουαρίου 2017 (28η Κορυφαία ΑΕ), ισχυριζόμενος ότι η συμμετοχή εξυπηρετεί καλύτερα τα διπλωματικά του ενδιαφέροντα. Η κίνηση εγκρίθηκε από 39 από 54 κράτη-μέλη. Από την επιστροφή, το Μαρόκο είναι ενεργό σε ειρηνοποιητικές δυνάμεις ΑΕ, οικονομική ολοκλήρωση (AfCFTA), και κλιματικές πρωτοβουλίες.
Το Μαρόκο είναι πλήρες, ενεργό μέλος ΑΕ. Ο διαφορενδ για τη Δυτική Σαχάρα παραμένει — η ΑΣΔΔ παραμένει μέλος ΑΕ — αλλά το Μαρόκο συμμετέχει σε όλα τα όργανα ΑΕ. Το επεισόδιο αντικατοπτρίζει την αρχή της ΑΕ «Αφρικανικές λύσεις στα αφρικανικά προβλήματα» και την πολυπλοκότητα της ηπειρωτικής ενότητας.
