Το όνομα Βοσνία αναφέρεται για πρώτη φορά από τον Πορφυρογέννητο στο χρονικό του De administrando imperio από τον 10ο αιώνα. Η περιοχή διοικούνταν από έναν Μπαν γνωστό ως Μπαν Μπόριτς, ο οποίος είχε τον τίτλο του Βόσνιου Μπαν για τον Βυζαντινό αυτοκράτορα. Η ρίζα από την οποία προέρχεται η Βοσνία (Bosona-) πρωτοεμφανίστηκε τον 9ο αιώνα σε γραπτά του Φράγκου χρονικογράφου Einhard. Ο γλωσσολόγος Petar Skok πίστευε ότι το όνομα προήλθε από το κελτικό προσωπικό όνομα Bosona. Άλλοι πίστευαν ότι το όνομα έχει Ιλλυρική ή Θρακική προέλευση. Bosna είναι το συντομότερο και πιο δημοφιλές όνομα που χρησιμοποιείται για να περιγράψει τη χώρα.
Η Ερζεγοβίνη προέρχεται από τον τίτλο Herzog (που σημαίνει Δούκας), που κατείχαν οι Δούκες του Αγίου Σάββα. Η πρώτη χρήση του όρου χρονολογείται από το 1448 όταν χρησιμοποιήθηκε σε ένα έγγραφο που αφορούσε μια διαμάχη μεταξύ του Stjepan Vukčić Kosača και της Δημοκρατίας της Ragusa. Αρχικά χρησιμοποιήθηκε για να περιγράψει το νότιο τμήμα του σημερινού κράτους, αλλά από τον 17ο αιώνα απέκτησε τη σημερινή γεωγραφική του σημασία.
