Οι επισκέπτες της Ιαπωνίας μπορούν να πετάνε στη χώρα μέσω ενός αριθμού αεροπορικών εταιρειών. Πέρα από τις αμερικανικές και ευρωπαϊκές εταιρείες που πετάνε σε και από αερολιμένες μεγάλων πόλεων όπως το Τόκιο, η χώρα φιλοξενεί έναν αριθμό ιαπωνικών αεροπορικών εταιρειών. Αυτές οι εταιρείες παρέχουν διεθνείς πτήσεις καθώς και αυτές που συνδέουν τα πολλά νησιά και τις περιφερειακές πόλεις της Ιαπωνίας.
Η Japan Airlines ξεκίνησε το 1951 και έχει την έδρα της στο Τόκιο, Ιαπωνία. Η εταιρεία, Japan Airlines Corp., κατέχει και λειτουργεί τις εμπορικές αεροπορικές εταιρείες. Η εταιρεία κατέχει 278 αεροσκάφη από το 2010 και απασχολεί περισσότερους από 47.000 ανθρώπους. Η αεροπορική εταιρεία έχει 144 εσωτερικές πτήσεις εντός Ιαπωνίας και λειτουργεί περισσότερες από 18.000 εσωτερικές πτήσεις ανά μήνα κατά μήκος αυτών των διαδρομών.
Η Japan Airlines έχει επίσης περισσότερες από 3.000 διεθνείς πτήσεις κάθε μήνα. Η αεροπορική εταιρεία είχε 259 διεθνείς διαδρομές επιβατών από το 2010 και 21 διαδρομές ειδικά για φόρτιο. Μέσω του δικτύου της συνδεδεμένων πτήσεων με άλλους μεταφορείς, η αεροπορική εταιρεία προσφέρει υπηρεσία σε 77 αερολιμένες στις Ηνωμένες Πολιτείες. Ανάμεσα σε αυτές βρίσκονται απευθείας πτήσεις στο Λος Άντζελες και Σαν Φρανσίσκο, Καλιφόρνια; Νέα Υόρκη, Νέα Υόρκη; Σικάγο, Ιλλinois; Κόνα και Χονολουλού, Χαβάη. Η αεροπορική εταιρεία έχει επίσης απευθείας πτήσεις στην επαρχία Γκουάμ.
Η All Nippon Airways ξεκίνησε το 1952 με το όνομα Japan Helicopter & Aeroplane Transports Co., Ltd., αλλάζοντας το όνομά της τον Δεκέμβριο 1957. Η εταιρεία All Nippon Airways Co., Ltd. κατέχει τις αεροπορικές εταιρείες και διαπραγματεύεται δημόσια στη Χρηματιστηριακή του Τόκιο. Πέρα από τις λειτουργίες πτήσης, η εταιρεία παράγει λογισμικό διαχείρισης αερολιμένων και προσφέρει ποικίλες υπηρεσίες για τη βιομηχανία αεροπορικών μεταφορών, συμπεριλαμβανομένης της συντήρησης αεροσκαφών.
Η All Nippon Airways λειτουργεί κατά μήκος 936 εσωτερικών πτήσεων και εννέα διαδρομών μόνο φόρτιου από το 2010. Η αεροπορική εταιρεία προσφέρει επίσης 638 διεθνείς πτήσεις. Για ταξίδια στις Ηνωμένες Πολιτείες, η εταιρεία εξυπηρετεί περισσότερες από 80 αμερικανικές πόλεις μέσω συνδέσεων που παρέχονται από εταίρους μεταφορείς. Η All Nippon Airways προσφέρει απευθείας πτήσεις από την Οσάκα και το Τόκιο στο Σαν Φρανσίσκο και Λος Άντζελες, Καλιφόρνια; Σικάγο, Ιλλinois; Νέα Υόρκη, Νέα Υόρκη; και Ουάσινγκτον, Ντ.Σ.
Η Skymark Airlines είναι μια μικρή αεροπορική εταιρεία που παρέχει μόνο εσωτερικές υπηρεσίες εντός Ιαπωνίας. Η εταιρεία ξεκίνησε το 1996 και λειτουργεί από έδρα στο Τόκιο, Ιαπωνία. Η Skymark Airlines, Inc. κατέχει τις αεροπορικές εταιρείες και διαπραγματεύεται δημόσια στη Χρηματιστηριακή της Νέας Υόρκης. Περίπου 3 εκατομμύρια επιβάτες ταξιδεύουν στις πτήσεις της Skymark Airlines κάθε χρόνο, αναφέρει το Bloomberg Businessweek. Η εταιρεία κατέχει και πετάει μόνο 12 αεροσκάφη.
Η Skymark Airlines προσφέρει εσωτερικές πτήσεις σε 12 τοποθεσίες στην Ιαπωνία: Ασαχικάβα, Σαππόρο, Ιμπαρακί, Χανέδα, Κομπέ, Κιτακίουσού, Φουοκόκα, Κουμαμότο, Καγκόσιμα, Αμάμι και Νάχα. Η αεροπορική εταιρεία απευθύνεται σε οικογένειες, παρέχοντας δωρεάν βιβλία εικόνων για όλα τα παιδιά στις πτήσεις της. Η εταιρεία προσφέρει επίσης το πρόγραμμα Star Kids, το οποίο παρέχει ειδική προσοχή και φροντίδα για παιδιά ηλικίας 6 έως 11 ετών που ταξιδεύουν χωρίς ενήλικα.
