Το αρχιπέλαγος Ινδονησίας έχει σημαντική βιοποικιλότητα, που σημαίνει ότι υπάρχουν πολλά διαφορετικά είδη εκεί. Σύμφωνα με το άρθρο του Pro Fauna "Στοιχεία για Ινδονησιακά Ζώα", η Ινδονησία έχει περισσότερα είδη θηλαστικών από οποιαδήποτε άλλη χώρα. Η διατήρηση της βιοποικιλότητας στην Ινδονησία είναι σημαντική, αν και οι περιβαλλοντολόγοι πρέπει να εργάζονται ενάντια στις προσπάθειες ανθρώπων που συλλαμβάνουν και πουλούν απειλούμενα ζώα για κέρδος.
Από το 2010, το νησί Σαματρά έχει μόνο 4.000 ορνγκαουτάν, ένα καταστροφικά χαμηλό νούμερο, επειδή οι λύκοι τους πουλούν ως κατοικίδια. Οι ορνγκαουτάν λειτουργούν μόνο ως κατοικίδια για περίπου πέντε χρόνια. Οι ορνγκαουτάν λειτουργούν μόνο ως κατοικίδια για περίπου πέντε χρόνια πριν γίνουν πολύ μεγάλοι και πολύ άγριοι για τους περισσότερους ανθρώπους να διαχειριστούν στα σπίτια τους.
Ο Κομόδο Δράκος είναι το μεγαλύτερο σαύρα στο πλανήτη και ένας μακρινός συγγενής των δεινοσαύρων. Η ηφαιστειακή δραστηριότητα, η αποδάση και η τουριστική κίνηση έχουν καταστρέψει μεγάλο μέρος του habitat τους στα μικρά νησιά όπου ζουν, αν και υπάρχουν αρκετά προστατευόμενα δώματα για αυτούς. Για παράδειγμα, το Εθνικό Πάρκο Κομόδου χρησιμοποιεί πέντε νησιά για να παρέχει ένα ασφαλές habitat για αυτούς.
Ο Τζαβάν Ρινόκερος είναι το σπανιότερο ζώο στον κόσμο με λιγότερο από 50 ζωντανά το 2010. Το πλειοψηφία, 44, ζουν στο Εθνικό Πάρκο Ούτζονγκ Κουλόν στην Τζάβα, Μπαντέν, Ινδονησία. Τόσο λίγα από αυτά τα ζώα υπάρχουν που ο θάνατος ενός από φυσικές αιτίες κάνει τίτλους. Οι διατηρητές έχουν κάνει μεγάλα προσπαθήματα να διατηρήσουν αυτό το είδος, αν και οι αριθμοί τους που απομένουν μειώνονται.
Οι Γκίμπονς είναι αυτόχθονες στη δυτική Ινδονησία, και έχουν προστατευθεί από το 1925 επειδή είναι θύματα παράνομης εμπορίας. Το πλειοψηφία των σωσμένων Γκίμπονς κατασχέθηκαν από ινδονησιακές αρχές κατά παράνομη εμπορία στα αγοράς, αν και κάποιοι είχαν ιδιοκτήτες που τους μεγάλωσαν ως κατοικίδια. Οι ιδιοκτήτες τους τα παράδωσαν όταν συνειδητοποίησαν ότι δεν προορίζονται να είναι κατοικίδια σπιτιών. Κάποιοι ζουν σε ζώολογικούς κήπους, ενώ άλλοι ζουν σε κέντρα διάσωσης.
