Το Πακιστάν φιλοξενεί έναν αριθμό απειλούμενων ειδών, συμπεριλαμβανομένων του μαλλιού χιονιού σκίουρου, μάρκχορ, μπλε φάλαινας, γάτας άμμου Πακιστάν, αιγαγρού αγριού, και διάφορων ειδών πουλιών, φαλαινών και χελωνών. Ορισμένα θηλαστικά που θα μπορούσαν να βρεθούν σε αφθονία κάποτε έχουν γίνει τα σπανιότερα θηλαστικά στον κόσμο, όπως ο χιονιάτης λεοπάρδος, το πρόβατο Μάρκο Πόλο και η δελφίνι του ποταμού Ινδός. Σε απόκριση στη μείωση του πληθυσμού άγριας ζωής του Πακιστάν, η κυβέρνηση σχεδιάζει να αυξήσει τον αριθμό των εθνικών πάρκων. Ωστόσο, για πολλά από τα απειλούμενα είδη του Πακιστάν, θα είναι πολύ λίγο, πολύ αργά.
Το δελφίνι του ποταμού Ινδός είναι ντόπιο στους κάτω ποταμούς της λεκάνης Ινδός στο Πακιστάν. Είναι 5 έως 8 ποδιά μήκους. Ο βιότοπός τους αντανακλάταν από τη δέλτα του Ινδός ανώτερο στους πρόποδες του Ιμαλαγιά. Ωστόσο, η κατασκευή φραγμάτων και ταμπών έχει περιορίσει δραματικά την κίνηση και τον βιότοπο των δελφινιών, όπως επίσης η αυξανόμενη ανάληψη νερού για γεωργική και βιομηχανική χρήση. Η αναγκαία κατάσταση του κάποτε αφθόνου δελφινιού του Ινδός έχει γίνει συμβολική της μάχης της άγριας ζωής για επιβίωση στο Πακιστάν.
Περίπου 1.100 από αυτά τα ζώα παραμένουν στο Πακιστάν. Η κυβέρνηση του Σινντ ιδρύθηκε ένα αποθεματικό δελφινιών το 1974, αλλά αυτό έκανε λίγο για να ενθαρρύνει την αναπαραγωγή. Ο Παγκόσμιος Φάρος Άγριας Ζωής (WWF) έχει αφιερώσει μερικούς από τους πόρους του για να βοηθήσει στην προστασία αυτού του απειλούμενου είδους. Σύμφωνα με το WWF, η επιβίωση αυτού του είδους εξαρτάται από βιώσιμα μέτρα διατήρησης, αλλά με έναν αυξανόμενο πληθυσμό που βάζει αυξημένη πίεση στους υδατικούς πόρους, το μέλλον του δελφινιού του ΙνΔός παραμένει πολύ σοβαρό.
Τα σύντομα πόδια αυτών των μεσαίων γατών τους κάνουν εξαιρετικούς ορειβάτες και σκαλιστές βράχων, και το παχύ τους λάμα τους επιτρέπει να ζουν σε υψηλές υψομέτρους. Στην πραγματικότητα, το λάμα τους είναι τόσο όμορφο που μια γούνα από χιονιάτη λεοπάρδος θα μπορούσε ποτέ να πωληθεί για τόσο πολύ όσο 50.000$ στις Ηνωμένες Πολιτείες.
Ο βιότοπός τους είναι κυρίως ψηλό, βραχώδες εδάφος, συμπεριλαμβανομένων των ορέων Χινδού Κους και Καράκοραμ στο Πακιστάν. Αυτά τα βόρεια μέρη του Πακιστάν παρέχουν πάνω από 80 τοις εκατό του διαθέσιμου βιότοπου της χώρας για χιονιάτους λεοπάρδους.
Οι χιονιάτες λεοπάρδοι είναι υπό απειλή από μειωμένο βιότοπο, μειωμένο πληθυσμό θήρας, ληστές που χρησιμοποιούν τα ζώα στην παραδοσιακή κινεζική ιατρική και κυνηγούς τρόφαιων.
Υπάρχουν διάφορα προγράμματα διατήρησης σε εξέλιξη. Ωστόσο, αυτές οι προσπάθειες διατήρησης είναι συχνά σε αντίθεση με τοπικούς χωρικούς των οποίων τα ζωάρια μερικές φορές γίνονται φαγητό για χιονιάτες λεοπάρδους. Το Πρόγραμμα Επιχειρήσεων Χιονιάτη Λεοπάρδου που τρέχει το Snow Leopard Trust ενθαρρύνει τη διατήρηση χιονιάτη λεοπάρδου και αποθαρρύνει την εκδίκηση κατά χιονιάτων λεοπάρδων για σκοτώματα ζωαρίων αυξάνοντας τα εισοδήματα των χωρικών μέσω παραγωγής χειροτεχνίας.
Η αρκούδα Μπαλουτσιστάν είναι ένας τύπος ασιατικής αρκούδας. Αναφέρεται επίσης ως «αρκούδα φεγγαρίου» λόγω σφαιρικής σημάδιας στη στήθος της. Αυτά τα μοναχικά θηλαστικά ζουν σε βιότοπους δάσους και μπορούν να ζυγίζουν πάνω από 300 λίβρες. Η αρκούδα Μπαλουτσιστάν βρίσκεται μόνο στην επαρχία Μπαλουτσιστάν στο νοτιοδυτικό Πακιστάν και στη νοτιοανατολική Ιράν. Αυτά τα θηλαστικά αντιμετωπίζουν πλέον εξαφάνιση λόγω αποδασμοποίησης και απώλειας βιότοπου, και αυτά που επιβιώνουν απειλούνται από κυνηγητική λόγω ζήτησης για μέρη των θηλαστικών από πρακτικούς παραδοσιακής κινεζικής ιατρικής.
