Η Μαλαισία στρώνεται στην ισημερινή στη Νότια Ανατολική Ασία, τοποθετημένη μεταξύ 1° και 7° βορείου πλάτους και 100° και 120° ανατολικού μήκους. Η χώρα περιλαμβάνει δύο διακριτές περιοχές: την Περιφερειακή Μαλαισία (Δυτική Μαλαισία) στη Χερσόνησο της Μαλαισίας, και την Ανατολική Μαλαισία στο βόρειο τμήμα του νησιού Bornéo, χωρισμένες από την Νότια Κινεζική Θάλασσα.
Καλύπτοντας περίπου 330.000 τετραγωνικά χιλιόμετρα, η ισημερινή τοποθεσία της Μαλαισίας της χαρίζει τροπικό κλίμα δάσους βροχής — καυτό, υγρό και βροχερός όλο το χρόνο. Αυτό το κλίμα θρέφει εξαιρετική βιοποικιλότητα, συμπεριλαμβανομένων αρχαίων δασών, ποικίλων θαλασσιακών οικοσυστημάτων στη Γωνία των Αδερφών, και εικονογραφικής φάυνας όπως οραγκουτάν, τίγρης Μαλαισίας, και η Rafflesia, το μεγαλύτερο λουλούδι του κόσμου.
