Ισχυρή αλιευτική πίεση στοχεύει ροφούς, σναπέρ, τόνο και ριφικά είδη. Μη νόμιμες μέθοδοι (αλίευση με δυναμίνη, κυανούχο, σαρκτικά δίκτυα σε ρίφες) καταστρέφουν το biotope. Πληθυσμοί καρχαρίων εξαντλήθηκαν δραματικά για εμπόριο γαμπιών. Περιορισμένη επιβολή σε οκτώ γειτονικές χώρες (Αίγυπτος, Σουδάν, Ερυθραία, Τζιμπουτί, Σαουδική Αραβία, Υεμένη, Ιορδανία, Ισραήλ).
Μεγάλα σχέδια (NEOM, Red Sea Project στην Σαουδική Αραβία; εκταθείς τουριστικά συγκρότηματα στην Αίγυπτο) ξεβυθίζουν ρίφες, γεμίζουν λιμνάκες, αλλάζουν υδροδυναμική. Εκκένωση манγκροβ για ανάπτυξη αφαιρεί φυτώρια και αποθετηρίους άνθρακα. Οι εξάτμιση νερού παράγουν υπεραλμυρές πλumes.
Μετανάστευση Λεσέψιαν μέσω Διώρυγας Σουέζ: ~400 είδη Ερυθράς Θάλασσας εισήλθαν στη Μεσόγειο. Αντίστροφη μετανάστευση λιγότερο τεκμηριωμένη αλλά δυνατή. Βαλλαστ νερό εισάγει επιπλέον είδη.
Περιφερειακή συνεργασία μέσω PERSGA (Περιφερειακή Οργάνωση Διατήρησης Περιβάλλοντος Ερυθράς Θάλασσας και Κόλπου Αδένα) υπάρχει αλλά η επιβολή ποικίλλει. Η διασυνοριακή φύση συμπλέκει τη διαχείριση.