* Πυκνό τροπικό δάσος: Η περιοχή όπου χτίστηκε η Διώρυγα του Παναμά ήταν καλυμμένη από πυκνό τροπικό δάσος, γεγονός που καθιστούσε δύσκολη την εκκαθάριση της γης και την κατασκευή του καναλιού.
* Βουνά: Το κανάλι του Παναμά έπρεπε να κατασκευαστεί μέσω του Continental Divide, που είναι μια οροσειρά που διασχίζει την Κεντρική Αμερική. Αυτό απαιτούσε την κατασκευή αρκετών κλειδαριών για την ανύψωση και κατέβασμα των πλοίων καθώς περνούσαν μέσα από τα βουνά.
Πολιτικό εμπόδιο
* Κολομβία: Η Διώρυγα του Παναμά ήταν αρχικά μέρος της Κολομβίας και η κολομβιανή κυβέρνηση ήταν αρχικά απρόθυμη να επιτρέψει στις Ηνωμένες Πολιτείες να κατασκευάσουν το κανάλι. Αυτό οδήγησε σε σύγκρουση μεταξύ των Ηνωμένων Πολιτειών και της Κολομβίας και οι Ηνωμένες Πολιτείες υποστήριξαν τελικά μια εξέγερση του Παναμά εναντίον της Κολομβίας. Ο Παναμάς έγινε ανεξάρτητη χώρα το 1903 και οι Ηνωμένες Πολιτείες μπόρεσαν να ξεκινήσουν την κατασκευή του καναλιού.
