1. Βακτήρια: Τα βακτήρια παίζουν σημαντικό ρόλο στη διαδικασία αποσύνθεσης στις εκβολές ποταμών. Διασπούν την οργανική ύλη σε απλούστερες ενώσεις, καθιστώντας τις διαθέσιμες για χρήση από άλλους οργανισμούς. Ορισμένα είδη βακτηρίων, όπως το Vibrio και το Pseudomonas, βρίσκονται συνήθως σε περιβάλλοντα εκβολών ποταμών και συμβάλλουν στην αποσύνθεση της φυτικής ύλης, των σφαγίων ζώων και άλλων οργανικών υλικών.
2. Μύκητες: Οι μύκητες, όπως οι ζυμομύκητες και οι μούχλες, είναι κρίσιμοι αποικοδομητές στις εκβολές ποταμών. Διασπούν την οργανική ύλη, απελευθερώνοντας ένζυμα που μετατρέπουν σύνθετες οργανικές ενώσεις σε απλούστερα μόρια. Οι μύκητες είναι ιδιαίτερα σημαντικοί στην αποσύνθεση του ξύλου και άλλων φυτικών υλικών που εισέρχονται στις εκβολές.
3. Πρωτόζωα: Τα πρωτόζωα είναι μονοκύτταροι οργανισμοί που τρέφονται με βακτήρια και άλλους μικροοργανισμούς. Αν και δεν αποσυνθέτουν άμεσα την οργανική ύλη, τα πρωτόζωα διαδραματίζουν ουσιαστικό ρόλο στον κύκλο των θρεπτικών συστατικών απελευθερώνοντας θρεπτικά συστατικά από τα βακτήρια που καταναλώνουν.
4. Μεθανογόνα: Τα μεθανογόνα είναι ένας τύπος βακτηρίων που παράγουν μεθάνιο ως υποπροϊόν του μεταβολισμού τους. Σε ανοξικές συνθήκες (χωρίς οξυγόνο) κοινές σε ορισμένα περιβάλλοντα εκβολών ποταμών, τα μεθανογόνα αποσυνθέτουν την οργανική ύλη και απελευθερώνουν αέριο μεθάνιο.
5. Scavengers: Ορισμένα ζώα, όπως τα καβούρια, οι γαρίδες και τα σκουλήκια, μπορούν να θεωρηθούν «αποσυνθετικά» στις εκβολές ποταμών. Τρέφονται με νεκρούς οργανισμούς και αποσυντιθέμενη φυτική ύλη, συμβάλλοντας στη διάσπαση των οργανικών υλικών και στην ανακύκλωση των θρεπτικών συστατικών.
6. Τροφοδότες κατάθεσης: Οι τροφοδότες εναποθέσεων είναι οργανισμοί που καταπίνουν και αφομοιώνουν την εναποτιθέμενη οργανική ύλη από το ίζημα. Παίζουν καθοριστικό ρόλο στην ανακύκλωση των θρεπτικών συστατικών και συμβάλλουν στην αποσύνθεση των οργανικών υλικών στις εκβολές. Μερικοί συνήθεις τροφοδότες αποθέσεων στις εκβολές ποταμών περιλαμβάνουν πολυχαΐτες, δίθυρα και ορισμένα είδη καρκινοειδών.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι οι αποικοδομητές σε μια εκβολή σχηματίζουν πολύπλοκους τροφικούς ιστούς και αλληλοεξαρτώμενες σχέσεις με άλλους οργανισμούς. Οι συνδυασμένες τους δράσεις βοηθούν στη διατήρηση της οικολογικής ισορροπίας και του κύκλου των θρεπτικών συστατικών μέσα στο οικοσύστημα των εκβολών.
