Η αλατότητα της Βαλτικής Θάλασσας κυμαίνεται από 0,5% έως 15%, ανάλογα με την τοποθεσία. Η μέση αλατότητα της Βαλτικής Θάλασσας είναι περίπου 8%, η οποία είναι σημαντικά χαμηλότερη από τη μέση αλατότητα του νερού των ωκεανών, που είναι περίπου 35%.
Υπάρχουν διάφοροι λόγοι για τους οποίους το νερό στη Βαλτική Θάλασσα είναι λιγότερο αλμυρό από τα περισσότερα νερά των ωκεανών.
* Είσοδος γλυκού νερού: Η Βαλτική Θάλασσα δέχεται μεγάλη ποσότητα γλυκού νερού από ποτάμια και ρυάκια. Οι σημαντικότεροι ποταμοί που εκβάλλουν στη Βαλτική Θάλασσα περιλαμβάνουν τον Όντερ, τον Βιστούλα, τον Νέβα και τον Νταουγκάβα. Αυτή η εισροή γλυκού νερού αραιώνει την αλατότητα της Βαλτικής Θάλασσας.
* Περιορισμένη ανταλλαγή νερού: Η Βαλτική Θάλασσα συνδέεται με τη Βόρεια Θάλασσα με στενά και ρηχά στενά. Αυτή η περιορισμένη ανταλλαγή νερού περιορίζει την εισροή αλμυρού νερού από τη Βόρεια Θάλασσα.
* Εξάτμιση: Η Βαλτική Θάλασσα έχει υψηλό ρυθμό εξάτμισης, γεγονός που αυξάνει περαιτέρω την αλατότητα του νερού. Ωστόσο, ο ρυθμός εξάτμισης αντισταθμίζεται από την εισροή γλυκού νερού από τα ποτάμια και τα ρέματα.
* Σχηματισμός πάγου: Κατά τους χειμερινούς μήνες, η Βαλτική Θάλασσα παγώνει, γεγονός που αυξάνει περαιτέρω την αλατότητα του νερού. Ωστόσο, ο πάγος λιώνει κατά τους ανοιξιάτικους και καλοκαιρινούς μήνες, γεγονός που αραιώνει την αλατότητα του νερού.
Ως αποτέλεσμα αυτών των παραγόντων, το νερό στη Βαλτική Θάλασσα είναι λιγότερο αλμυρό από τα περισσότερα νερά των ωκεανών.
