Αν και η Πενσυλβανία δεν είναι απευθείας στις ακτές ωκεανού, η πολιτεία έχει έναν αριθμό λιμένων γλυκέος νερού και εσωτερικών λιμένων. Το Έρι είναι η έδρα του μοναδικού λιμένα της πολιτείας στα Μεγάλα Λίμνες, ενώ η περιοχή της Φιλαδέλφειας είναι η τοποθεσία ενός αριθμού λιμενικών εγκαταστάσεων για φορτηγά και επιβατηγά πλοία. Το Πίτσμπουργκ είναι επίσης η τοποθεσία ενός σημαντικού εσωτερικού λιμένος, που υποστηρίζει τη ναυτιλία σε όλη την Ηνωμένες Πολιτείες.
Το Λιμάνι του Έρι (porterie.org) στη νοτιοανατολική ακτή του Λίμνης Έρι βρίσκεται σε ένα φυσικό κόλπο που προστατεύεται από το Presque Isle στο Έρι, Πενσυλβανία. Το κανάλι είσοδος του λιμανιού είναι 29 πόδια βαθύ. Το Λιμάνι του Έρι είναι το μοναδικό λιμάνι της πολιτείας στα Μεγάλα Λίμνες και εξυπηρετεί φορτηγά πλοία στο Σύστημα Μεγάλων Λιμνών Ag. Lawrence Seaway στις Ηνωμένες Πολιτείες και τον Καναδά. Το λιμάνι διαθέτει επίσης εποχικό κατασκηνοπάρκο και μαρίνες για αμετήριστες πλοία, καθώς και εγκαταστάσεις κατασκευής και επισκευής πλοίων.
Το Λιμάνι του Πίτσμπουργκ (port.pittsburgh.pa.us) στη νοτιοδυτική Πενσυλβανία εξυπηρετεί 12 νομούς και περίπου 200 μίλια εμπορικώς ναυσιπλεύστιμων υδάτων. Το λιμάνι και ένα σύστημα 17 φραγμάτων και κλειστρών συνδέεται με τέσσερις διαπολιτειακούς αυτοκινητοδρόμους και τους σιδηροδρόμους CSX και Norfolk Southern. Υποστηρίζοντας περισσότερους από 200 λιμενικούς τερματικούς και παρόχους υπηρεσιών βιομηχανίας μπαρατζών, το λιμάνι συνδέεται με το Σύστημα Εσωτερικών Υδατοδρόμων και είναι το δεύτερο πιο συμφυμένο εσωτερικό λιμάνι στη χώρα.
Το Λιμάνι της Φιλαδέλφειας είναι ένα από τα 14 λιμάνια στις Ηνωμένες Πολιτείες που επιτρέπεται να διαχειρίζεται στρατιωτικά φορτία προοριζόμενα για διεθνείς λιμάνια. Διαθέτει αφιερωμένο τερματικό κρουαζιέρας που λειτουργεί από την Αρχή Λιμένος Delaware River (drpa.org) και εξειδικευμένους τερματικούς που λειτουργούν από την Περιφερειακή Αρχή Λιμένος Φιλαδέλφειας (philaport.com). Το λιμάνι συνδέεται με τρία μεγάλα σιδηροδρόμους και δύο διαπολιτειακούς αυτοκινητοδρόμους, και τα σχέδια για το μέλλον περιλαμβάνουν την ορθοβάθυνση του κύριου ναυσιπλεύστιμου καναλιού από 40 σε 45 πόδια για να διαχειριστούν μεγαλύτερα φορτηγά πλοία.
Από το 1892, πετρελαϊκά πετρελαιοεργεία έχουν χτιστεί στην παραλία του Marcus Hook, Πενσυλβανία (marcushookboro.com). Ένα βαθύ λιμάνι επιτρέπει την παράδοση πετρελαίου και την εξαγωγή εξελιγμένων προϊόντων σε εξωτερικές αγορές. Η σύνδεση της κοινότητας με το λιμάνι της χρονολογείται στο 18ο αιώνα όταν ήταν η πρώτη λιμενική στάση για τη Φιλαδέλφεια και, για ένα χρονικό διάστημα, καταφύγιο για πειρατές. Ήταν επίσης η τοποθεσία ενός αμερικανικού σταθμού καραντίνας για το Λιμάνι της Φιλαδέλφειας από το 1887 έως τα τέλη της δεκαετίας του 1960.
