Η θύλακη γλώσσα που μιλιόταν στο Μισιόν San Juan Capistrano ήταν η Acjachemen (επίσης λεγόμενη Juaneño), μια Ουτό-Αζτέκανη γλώσσα του λαού Acjachemen.
Χρησιμοποιήθηκε επίσης στα κοντινά Μισιόν San Luis Rey de Francia και San Gabriel Arcángel. Σήμερα, η Acjachemen ταξινομείται ως εξαφανισμένη — δεν υπάρχουν γνωστοί μητρικοί ομιλητές — αν και προσπάθειες αναβίωσης συνεχίζονται μεταξύ απογόνων.
