Η Μισιόν Santa Cruz (ιδρυμένη 1791) σχήμασε σημαντικά την τοπική οικονομία της Alta California:
Εισήγαγε συστήματα αρδεύσεως (acequias), νέες καλλιέργειες (σίτος, κριθάρι, καλαμπόκι, φασόλια, σταφύλια, ελιές) και ευρωπαϊκές γεωργικές τεχνικές, αυξάνοντας τις απόδοσεις και δημιουργώντας πλεονάσματα για εμπόριο.
Ιδρύει μεγάλες αγέλη βοών, προβάτων και ίππων. Δέρματα, τάλλο, μαλλί και κρέας εμπορεύονταν ευρέως, ενσωματώνοντας τη μισιόν στο εμπόριο δερμάτων-ταλλοών με Βόστον και βρετανικά πλοία.
Η ακτογραφούσα θέση της διευκόλυνε ναυτικό εμπόριο. Η μισιόν γινόταν αγορά για Τοπικά, Ισπανικά, Μεξικανικά και αργότερα Αμερικανικά αγαθά.
Η οικονομία της μισιόν βασιζόταν έντονα στην αναγκασμένη Τοπική εργατική δύναμη (Ohlone/Yokuts) για γεωργία, κτηνοτροφία, οικοδομή και τέχνες. Αυτή η εκμετάλλευση είναι σκοτεινή πτυχή του συστήματος μισιόν.
Συνδέει την Alta California με την ευρύτερη ισπανική κολονιακή οικονομία, Κυκλοφορούντα αγαθά, νόμισμα και εργασία σε όλη την αυτοκρατορία.
Η σαικουλαρίση (1834) έφερε τέλος στην ελέγχο της μισιόν, αλλά οι γεωργικές και κτηνοτροφικές βάσεις της παρέμειναν στα Μεξικανικά και Αμερικανικά періόδους.
