Το Μισσιον Σαν Χουάν Καπιστράνο, ιδρυμένο το 1776 ως έβδομο από τα 21 ισπανικά μισσιον της Καλιφόρνιας, τοποθετήθηκε μέσω σύγκλισης στρατηγικών, οικονομικών και πνευματικών παραγόντων που επαληθεύουν τη λογική του συστήματος μισσιον.
Η στρατηγική τοποθεσία παράλληλα με το El Camino Real—το 600-μίλια "Βασιλικό Δρόμο" που συνδέει όλα τα μισσιον—έθεσε το Καπιστράνο περίπου στη μέση μεταξύ Σαν Ντιέγο και Σαν Γκαμπριέλ. Αυτή η απόσταση (μία μέρα ταξίδι μεταξύ μισσιον) δημιούργησε λειτουργικό δίκτυο για ταξίδια, επικοινωνία και γραμμές προμήθειας πέρα από την Άλτα Καλιφόρνια.
Η αφθονία πόρων έκανε την τοποθεσία αυτοαποδοτική. Η υδροληπτήρια του ρέματος Σαν Χουάν παρείχε αξιόπιστο νερό για άρδευση. Φωτεινά ιλύα εδάφη υποστήριζαν σίκαρι, κριθάρι, καλαμπόκι, φασόλια, σταφύλια, ελιές και εσπεριδοειδή. Τα περίγυρα λόφοι προσέφεραν ξύλο, οικοδομική πέτρα και νομεύς για χιλιάδες βόες και πρόβατα—την οικονομική μηχανή του συστήματος μισσιον.
Ο ενδογενής πληθυσμός—οι Acjachemen (Juaneño) ζούσαν σε πολλαπλούς χωριά κοντά. Οι Φραγκισκάνες ζητούσαν να συγκεντρώσουν, να μετατρέψουν και να απασχολήσουν αυτούς ως εργατικό δυναμικό του μισσιον. Αυτή η σύγκρουση καταστρέφει τον πολιτισμό Acjachemen μέσω ασθενειών, αναγκαστικής εργασίας και πολιτιστικής καταστολής, ένα траγικό μοτίβο σε όλα τα μισσιον.
Η πρότερη εξερεύνηση από τον Cabrillo (1542) και τον Portolá (1769) τεκμήριωσε την καταλληλότητα της περιοχής. Η πνευματική σημασία προέκυψε από την πεποίθηση ότι ο Άγιος Ιωάννης του Καπιστράνου (1386-1456), Φραγκισκάνος κήρυκας και σταυροφόρος, είχε εμφανιστεί θαυματουργικά στους πρώιμους εξερευνητές—επίθετο το όνομα του μισσιον.
Σήμερα, τα ερείπια της "Μεγάλης Πετρώδους Εκκλησίας" (συνέπεσε το 1812 από σεισμό), διατηρημένα adobe κτίρια, και οι διάσημες επιστρέφουσες χελιδόνες το κάνουν κορυφαίο ιστορικό τόπο—μαρτύριο της πολύπλοκης λογικής πίσω από την τοποθέτηση μισσιον.
