1. σεισμός 1806: Ένας μεγάλος σεισμός έπληξε την περιοχή του κόλπου του Σαν Φρανσίσκο στις 28 Ιουνίου 1806, προκαλώντας σημαντικές ζημιές στην αποστολή San Rafael Arcángel. Ο σεισμός προκάλεσε την κατάρρευση των πλίθινων τοίχων της αποστολής και προκάλεσε ζημιές στην πέτρινη εκκλησία, καθιστώντας την άχρηστη. Οι κάτοικοι της αποστολής έπρεπε να μετεγκατασταθούν προσωρινά μέχρι να γίνουν οι επισκευές.
2. σεισμός 1818: Ένας άλλος μεγάλος σεισμός έπληξε την περιοχή το 1818, προκαλώντας περαιτέρω ζημιές στην αποστολή San Rafael Arcángel. Η ήδη εξασθενημένη κατασκευή της εκκλησίας υπέστη πρόσθετες ζημιές και οι τοίχοι της αποστολής συνέχισαν να φθείρονται. Η αποστολή ήταν σε άθλια κατάσταση για πολλά χρόνια μετά από αυτόν τον σεισμό.
3. Πλημμύρα 1824: Το 1824, το San Rafael Creek πλημμύρισε, πλημμυρίζοντας τους χώρους της αποστολής και προκαλώντας εκτεταμένες ζημιές στα κτίρια της αποστολής. Τα νερά της πλημμύρας βύθισαν τα χωράφια της αποστολής, κατέστρεψαν καλλιέργειες και διέβρωσαν το γύρω τοπίο. Οι κάτοικοι της αποστολής χρειάστηκε να εργαστούν σκληρά για να συνέλθουν από την πλημμύρα και να επαναφέρουν την αποστολή στην προηγούμενη κατάσταση.
4. Πυρκαγιά 1849: Το 1849, μια πυρκαγιά ξέσπασε στο Mission San Rafael Arcángel, καταστρέφοντας μεγάλο μέρος του συγκροτήματος της αποστολής. Η φωτιά κατέκαψε τις ξύλινες κατασκευές της αποστολής, συμπεριλαμβανομένης της στέγης και του εσωτερικού της εκκλησίας. Τα πολύτιμα αρχεία και τα θρησκευτικά αντικείμενα της αποστολής χάθηκαν στη φωτιά και η αποστολή έμεινε ερειπωμένη.
5. σεισμός 1906: Ο περιβόητος σεισμός του 1906, γνωστός και ως Σεισμός του Σαν Φρανσίσκο, προκάλεσε σημαντικές ζημιές στην αποστολή San Rafael Arcángel. Ο σεισμός προκάλεσε την κατάρρευση του καμπαναριού της αποστολής και προκάλεσε ζημιές στις υπόλοιπες κατασκευές. Η αποστολή στη συνέχεια αποκαταστάθηκε και ξαναχτίστηκε, αλλά εξακολουθεί να φέρει τα σημάδια αυτού του ιστορικού σεισμού.
Αυτές οι φυσικές καταστροφές έπαιξαν ρόλο στη διαμόρφωση της ιστορίας και της διατήρησης της Αποστολής San Rafael Arcángel. Παρά αυτές τις προκλήσεις, η αποστολή άντεξε και συνεχίζει να στέκεται ως απόδειξη της ανθεκτικότητας των ανθρώπων που την αποκαλούσαν πατρίδα ανά τους αιώνες.
