2. Σχεδιασμός Διώροφης: Σε αντίθεση με άλλες αποστολές που έχουν κυρίως μονοώροφη δομή, το Mission San Jose διαθέτει διώροφο σχεδιασμό. Αυτό το μοναδικό χαρακτηριστικό επιτρέπει περισσότερο χώρο και ευελιξία στη διάταξη της αποστολής. Ο δεύτερος όροφος χρησίμευε αρχικά ως κοιτώνας και αποθηκευτικός χώρος, ενώ το χαμηλότερο επίπεδο φιλοξενούσε βασικές εγκαταστάσεις όπως η εκκλησία, οι χώροι διαβίωσης και τα εργαστήρια. Ο διώροφος σχεδιασμός παρουσιάζει τον προσεγμένο σχεδιασμό και την αποτελεσματική χρήση του χώρου που προέκυψε στην κατασκευή του Mission San Jose.
3. Πρωτότυπα έργα τέχνης και τοιχογραφίες:Το Mission San Jose είναι γνωστό για την εκτενή συλλογή πρωτότυπων έργων τέχνης και τοιχογραφιών. Οι ζωντανές τοιχογραφίες καλύπτουν τους τοίχους και την οροφή της εκκλησίας και απεικονίζουν σκηνές από τη θρησκευτική ιστορία, τις βιβλικές αφηγήσεις και τη ζωή του Αγίου Ιωσήφ. Αυτά τα έργα τέχνης προσφέρουν μια ματιά στο καλλιτεχνικό ταλέντο και την πνευματική αφοσίωση της ιθαγενούς κοινότητας της αποστολής. Οι τοιχογραφίες στο Mission San Jose είναι μοναδικές στην κλίμακα και την πολυπλοκότητά τους σε σύγκριση με άλλες αποστολές στην Καλιφόρνια.
4. Σύστημα Waterworks:Η Mission San Jose μπορεί να υπερηφανεύεται για ένα εντυπωσιακό και καινοτόμο σύστημα ύδρευσης που διευκόλυνε την αποτελεσματική παροχή και διανομή νερού για διάφορους σκοπούς. Χρησιμοποίησε τη βαρύτητα για να διοχετεύσει το νερό της βροχής από τους λόφους σε μια δεξαμενή και στη συνέχεια διένειμε το νερό μέσω υπόγειων υδραγωγείων σε διάφορες περιοχές της αποστολής, συμπεριλαμβανομένης της κουζίνας, των χωραφιών και των εργαστηρίων. Αυτό το σύστημα επέτρεψε στην αποστολή να διατηρήσει τις αγροτικές της δραστηριότητες, οι οποίες ήταν κρίσιμες για την αυτάρκειά της. Το εξελιγμένο σύστημα υδάτινων έργων καταδεικνύει την εφευρετικότητα της κοινότητας της αποστολής στη διαχείριση των πόρων της.
5. Αντισεισμική Ανθεκτικότητα: Ο σχεδιασμός του Mission San Jose ενσωματώνει στοιχεία που ενισχύουν την ανθεκτικότητά του σε σεισμούς. Το εξωτερικό της εκκλησίας διαθέτει τοξωτά στηρίγματα που παρέχουν πρόσθετη στήριξη και σταθερότητα στη δομή. Αυτά τα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά υποδεικνύουν ότι οι κατασκευαστές της Mission San Jose γνώριζαν τους σεισμικούς κινδύνους στην περιοχή και έλαβαν μέτρα για να ενισχύσουν την αποστολή ενάντια σε σεισμούς. Αντίθετα, ορισμένες άλλες αποστολές στην Καλιφόρνια υπέστησαν σοβαρές ζημιές ή καταστροφές λόγω σεισμών, υπογραμμίζοντας την προνοητικότητα των αρχιτεκτόνων της Mission San Jose.**
Αυτά τα μοναδικά χαρακτηριστικά διακρίνουν το Mission San Jose από άλλες αποστολές στην Καλιφόρνια και το καθιστούν ένα αξιόλογο ιστορικό ορόσημο και μια απόδειξη της ευρηματικότητας και της αφοσίωσης των ανθρώπων που το έχτισαν.
