Η θαλάσσια βιοποικιλότητα είναι εξαιρετικά ανώμαλη στις ωκεανικές ζώνες, δημιουργώντας έρημους και οάση μέσα στο μπλε. Οι πρωταρχικοί οδηγοί σχηματίζουν ένα αλληλένδετο δίκτυο φυσικών, χημικών και βιολογικών παραγόντων.
Το φωτός και η φωτοσύνθεση αποτελούν το θεμέλιο. Η ευφωτική ζώνη (κορυφή ~200μ όπου γίνεται φωτοσύνθεση) φιλοξενεί 90% της θαλάσσιας ζωής. Τα φυτοπλαγκτόν—μικροσκοπικές άλγες—μετατρέπουν την ανόργανη άνθρακα σε οργανική ύλη, τρέφοντας τα τροφικά δίκτυα. Η διάκριση φωτός εξαρτάται από γεωγραφικό πλάτος, εποχή, καθαρότητα νερού και βάθος.
Η διαθεσιμότητα θρεπτικών ελέγχει την ανάπτυξη φυτοπλαγκτόν. Άζωτο, φώσφορο, σίδηρος και πυρίτιο είναι συχνά περιοριστικά. Ζώνες άνωσης (ανατολικά ρεύματα ορίων, ισημερινή διακλιση) φέρνουν βαθιά θρεπτικά στα φωτεινά επίπεδα, δημιουργώντας τις πιο παραγωγικές αλιείες του κόσμου (Περού, Καλιφόρνια, Μπένγκουελα, Κανάρια). Η ακτιναία απόρροή προσθέτει θρεπτικά αλλά μπορεί να προκαλέσει ευτροφισμό.
Η θερμοκρασία δομεί τη βιογεωγραφία. Τα τροπικά νερά φιλοξενούν την υψηλότερη ποικιλία ειδών· τα πολικά νερά έχουν χαμηλότερη ποικιλότητα αλλά υψηλή βιομάζα. Τα είδη έχουν θερμικά niches· η θερμαίνση ωθεί πολικά μετατοπισμούς.
Η πολυπλοκότητα οικίσκου πολλαπλασιάζει τις niches: κοραλλιογενή ριφ, δάση κελπού, λιβάδια θαλασσόφυτων, υδροθερμικά φύματα, υφαιστιακά βουνά. Η δομική ετερότητα υποστηρίζει ύπαρξη.
Οι ροές μεταφέρουν λάρβες, θρεπτικά και οργανισμούς—συνδέοντας πληθυσμούς και δημιουργώντας ζώνες διατήρησης. Τα μετώπα (όρια υδάτινων μάζων) συγκεντρώνουν παραγωγικότητα.
Οι ανθρώπινες επιδράσεις πλέον ξεπερνούν τα φυσικά μοτίβα: υπεραλιεία αφαιρεί хищικές· ρύπανση δημιουργεί νεκρές ζώνες· καταστροφή οικίσκου (τράγουλωμα, ακτιναία ανάπτυξη)· κλιματική αλλαγή αλλάζει όλους τους φυσικούς οδηγούς. Θαλάσσια Προστατευόμενες Περιοχές και διαχείριση βάσει οικοσυστημάτων επιχειρούν να αντιστρέψουν την αποκλίμαση.
