Πριν η Νέα Υόρκη γίνει πολιτεία, ήταν μία από τις 13 αρχικές κολonien. Ιδρύθηκε από τους Ολλανδούς το 1628, όταν ονομάζονταν «New Netherland», η κολονιά της Νέας Υόρκης ήρθε τελικά υπό βρετανική κυριαρχία. Κατά αυτή την περίοδο, οιgemeentes εξελίχθηκαν σε αναπτυσσόμενες πόλεις. Τότε, όπως και τώρα, η Νέα Υόρκη ήταν η μεγαλύτερη πόλη στην κολονιακή Νέα Υόρκη, αλλά άλλες ήταν επίσης σημαντικές.
Η κολονιακή Νέα Υόρκη, όπως και σήμερα, ήταν ένα απασχολημένο, αναπτυσσόμενο εμπορικό κέντρο. Ήταν πιο εθνικά και γλωσσικά ποικιλόμορφη από τις περισσότερες άλλες πόλεις στις κολonien. Λόγω της λιμενικής της εγκατάστασης και της γεωγραφικής κοντινότητας με τη Φιλαδέλφια και το Βοστώνη, η Νέα Υόρκη ήταν σημαντικό εμπορικό κέντρο. Αρχικά, η Νέα Υόρκη περιοριζόταν στο νησί Μανχάταν· τα άλλα boroughs που 구성ίζουν την παρούσα Νέα Υόρκη ενσωματώθηκαν αργότερα.
Το Albany ήταν η δεύτερη σημαντικότερη πόλη στην κολονιά της Νέας Υόρκης. Αυτό, επίσης, ανήκε αρχικά στους Ολλανδούς, που το ονόμασαν «New Orange». Οι Βρετανοί το κατέλαβαν και το μετονόμασαν προς τιμήν του Lord of Albany. Η τοποθεσία του στον ποταμό Hudson βοήθησε το Albany να γίνει σημαντικό εμπορικό κέντρο και σημείο πρόσβασης στις πλούσιες σε πόρους περιοχές πιο βόρεια. Ήταν πολιτικά σημαντική πόλη ακόμα και πριν ονομαστεί πρωτεύουσα της πολιτείας. Το Albany ήταν επίσης στρατηγικά σημαντικό μέρος κατά τον Επαναστατικό Πόλεμο.
Το Brooklyn παρέμεινε ανεξάρτητη πόλη μέχρι και μετά την απόκτηση της ανεξαρτησίας από την Αμερική. Το κολονιακό όνομά του προέρχεται από τα Ολλανδικά για «σπαραγμένη γη». Οι δούλοι αποτελούσαν το τρίτο του πληθυσμού στην εκδήλωση του Επαναστατικού Πολέμου. Αν και δεν ήταν τόσο εμπορικά απασχολημένο όσο το Μανχάταν, το Brooklyn ήταν kuitenkin το μέρος μιας κρίσιμης μάχης κατά τον πόλεμο για την ανεξαρτησία.
Το Rochester ήταν σημαντική πόλη που συνορεύει με τις εκτεταμένες γειτονιές της πολιτείας της Νέας Υόρκης. Τέμαχια γης που διανεμήθηκαν στους πρώτους αποίκους εξελίχθηκαν σε αναπτυσσόμενη οικισμών. Το κολονιακό Rochester ήταν πιο αγροτικό από άλλες κολονιακές πόλεις της Νέας Υόρκης, αλλά η νωρίς ανάπτυξή του πρόβαινε τη πολύ μεγαλύτερη επέκταση που ήρθε στο επόμενο αιώνα.
